课程-微生物研究数据挖掘与图形优化

直播时间:2018年04月12日 下午16:00

基于保守片段的16SITS18S研究是最具有性价比的微生物群落研究方法,也是目前最为流行的群落组学研究方法。但利用这项技术解决科学问题的过程中,我们也会遇到多种实验问题。本期在线课堂,就微生物群落研究的数据挖掘以及图形展示过程中所遇到的问题进行解答,同时针对这些问题,提供有效的解决方法和工具给大家作为参考。


植物的营养吸收,水体微生物对生态环境影响,肠道群落与宿主的协同关系等等科学问题的研究都与微生物群落有密不可分的关系。

基于保守片段的16SITS18S研究是最具有性价比的微生物群落研究方法,也是目前最为流行的群落组学研究方法。但利用这项技术解决科学问题的过程中,我们也会遇到多种实验问题。

这里的实验问题来源于两种分类,传统分子实验以及以数据分析为基础的统计分析实验。想要获得理想的结果,无论利用哪种实验手段,都必须对实验条件进行摸索和优化。

对于传统实验来说,这种优化可以是试剂浓度、反应时间等;而对统计分析实验来说,也就是数据分析参数调整、作图参数调整等等。


实验问题分类


举个简单例子,由于实验操作不规范,造成植物内生菌项目中叶绿体含量过高,而且这种叶绿体异常情况与本身的实验设计和处理都无关,这时候需要去除叶绿体后进行后续分析。这种对分析策略的调整是至关重要的,如果不调整,由于污染因素太大,处理效应就有可能没办法体现。

在数据的图形化展示上也会遇到同样的问题。差异物种太多,而且结果中很多不是关心的物种,需要挑选重点几个物种进行画图;关键物种的显示不明显,需要调整颜色;图形样本名称需要修改等等。这些图形修改,目的都是为了增加图形的解读能力和可读性,让结果更为清晰明了,更有说服力。


分析重点:数据挖据与可视化


本期在线课堂,就微生物群落研究的数据挖掘以及图形展示过程中所遇到的问题进行解答,同时针对这些问题,提供有效的解决方法和工具给大家作为参考。

课程题目:微生物研究数据挖掘与图形优化

课程内容:

1.群落研究数据挖据的意义

2.数据挖据过程所遇到的问题归纳和讲解

3.数据挖掘工具推荐

49 OmicShare 课堂《微生物研究数据挖掘与图形优化》答疑整理


1.请问环境因子贡献度分析怎么做?

可以用VPA计算,在vegan包中找到“varpart”函数就可以。大致原理就是把一个变量去除后,看它对结果的影响,影响越大,贡献度越大,贡献度用r2表示。


2.怎么决定做分析的数据分类程度?门?纲?科?

数据分类不是由自己主观决定的,除非有明确的关注目标(例如肠道微生物,一般关注厚壁菌门等),不然还是建议用各个分类水平都做分析,数据出来后,再进行筛选和调整,这要靠自己摸索。


3.我不知道数据类型是否符合正态分布,怎么选差异方法啊?

差异方法之前有一期课堂已讲过,不同模型差异分析发法是不同的,如T检验需要样本数据是符合正态分布和方差是齐性的,方差不齐可尝试秩和检验等。如果不知道数据类型,可都用不同方法先去试,看看哪一种是合适的,我们的Omicsmart在线报告就可以快速实现这种功能,可反复试错,直到试到你想要的结果。


4.怎么判断数据是不是正态分布的?

检验的方法和软件挺多的,例如通过QQ图,K-S检验等等。但这些分析的基础都是基于一定的数据量,如果数据量太少,没办法判断。


5.怎么确定是T检验还是方差分析啊?

T检验一般适用于两组数据的比较,方差分析用于多组(3组以上)数据之间的比较。

6.相关系数相关性有没有好的分析方法?

分析方法没有好与不好,是有的方法比较常见,如用Pearson相关系数、Spearman相关系数衡量两组数据的相关性等。两矩阵相关性检验方法常用mantel test


7.Omicsmart在线报告系统是免费用的吗?

只要在基迪奥公司做相关项目,Omicsmart系统都是免费使用的。其他非项目用户也可以用论坛账号和密码登录,进行简单的查看操作。


8.请问Omicsmart在线分析系统能不能分析病毒宏基因组?

Omicsmart在线分析系统目前只支持基于扩增子(16S18SITS)的数据,病毒宏基因组暂时还不支持,接下来会继续开发的。


9.在线系统是针对某一次项目才能使用的吗?跟项目一对一的关系?

是的,跟项目是一对一的关系,同一个客户的不同数据也可以合并上传分析。


10.Omicsmart的图形导出之后可以修改吗?

Omicsmart可导出svgpng两种格式的图片,导出为svg格式的矢量图是可用Ai、文本编辑器等软件直接编辑的,png格式的图片是位图,当然也可以用PS“修改”。


11.Omicsmart工具系统中做好的图形,怎样导出?

每个图表都有图形调整窗口,可调整图形颜色,图片格式,分别率(dpi)等,点下载图形按钮就可以导出图片了。


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基迪奥-小师兄 金牌讲师

已从事多年微生物研究,具有丰富的分子克隆和高通量测序经验,擅长微生物群落和单菌体研究。

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