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请问怎么知道一种蛋白的的保守结构域?

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请问怎么知道一种蛋白的的保守结构域?例如金属硫蛋白,有MT-1, MT-2,MT-3,MT-4四类,有α结构域和β结构域,那么它们的保守结构域一样吗?
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    发表于 2016.9.11 10:03:18 | 显示全部楼层
    本帖最后由 hld8124 于 2016.9.11 10:04 编辑

    把你需要比较结构域在ncbi的Conserved Domains里面查找,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/docs/cdd_search.html,可以看到结构域的种类和类型
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     楼主| 发表于 2016.9.11 11:22:42 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.9.11 10:03
    把你需要比较结构域在ncbi的Conserved Domains里面查找,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/docs/ ...

    那我输进去Metallothionein进行搜索,出来好多个硫蛋白家族的结果,这些全部都是它的保守结构域吗?会重复吗?那我要找出水稻金属硫蛋白的所有保守结构域,是只要找真核生物的硫蛋白家族,还是所有的都要找?
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    发表于 2016.9.13 16:42:38 | 显示全部楼层
    同问,比如这样的conserved domains,需要根据哪几个还是全部11个判断保守结构域?如何根据保守结构域设计引物在其它物种中扩增并克隆验证,求大咖指点详细过程。
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    发表于 2016.9.13 22:47:12 | 显示全部楼层
    本帖最后由 hld8124 于 2016.9.14 15:55 编辑
    lyj852413451 发表于 2016.9.11 11:22
    那我输进去Metallothionein进行搜索,出来好多个硫蛋白家族的结果,这些全部都是它的保守结构域吗?会重 ...

    当然你 输入Metallothionein后他会显示所有收录的有Metallothionein结构域的序列,包括 酵母的真核生物的,family 5,6,11等,你点进去就是不同的结构域,但是都是应该属于同一个superfamily。


          如果你只是早水稻的Metallothionein,因为其基因组已经公布了,要看其保守结构域,直接在NCBI上搜索metallothionein Oryza sativa,找到其蛋白基因查找蛋白结构域就可以知道是什么类型了

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    发表于 2016.9.13 22:53:30 | 显示全部楼层
    caffemao 发表于 2016.9.13 16:42
    同问,比如这样的conserved domains,需要根据哪几个还是全部11个判断保守结构域?如何根据保守结构域设计 ...

    如果想利用保守结构域来设计引物是很困难的,我们扩增是DNA序列,因为我们知道,密码子的特性,一个氨基酸具有两个或两个以上的密码子,不同的物种他的基因序列可能差异很大,但是其蛋白序列可以很接近,所以以保守结构域来设计兼并引物是行不通的
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    发表于 2016.9.14 09:54:54 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.9.13 22:53
    如果想利用保守结构域来设计引物是很困难的,我们扩增是DNA序列,因为我们知道,密码子的特性,一个氨基 ...

    受教了,感谢版主回复。很遗憾从蛋白保守域设计兼并引物在本物种扩增这条路行不通。那么,从近缘物种的某种蛋白的保守域出发来设计兼并引物扩增能否行得通?另外,请问ncbi的Conserved Domains能够做哪些分析?对实验思路设计可以有什么启发?NCBI上面有很多工具都还不会用,不清楚每一项都可以用来做什么分析。还望不吝赐教。如果有相关的详细教程也可以推荐一下,谢谢。
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    发表于 2016.9.14 16:00:53 | 显示全部楼层
    caffemao 发表于 2016.9.14 09:54
    受教了,感谢版主回复。很遗憾从蛋白保守域设计兼并引物在本物种扩增这条路行不通。那么,从近缘物种的某 ...

    看来你还不明白,我们设计引物都是要基于DNA序列,对应不同的物种,我们都是下载相关的目的片段来设计引物,蛋白保守结构域的作用是用于判断是不是相关家族的基因,确定基因是什么功能

    另外,关于NCBI的用法,我们omicshare论坛里面都有相关的介绍,http://www.omicshare.com/forum/f ... =200&highlight=ncbi,你可以学习一下
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    发表于 2016.9.14 22:19:06 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.9.14 16:00
    看来你还不明白,我们设计引物都是要基于DNA序列,对应不同的物种,我们都是下载相关的目的片段来设计引物 ...

    好的,多谢版主。我这就去补习一下。
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    忙~
    2019.10.7 10:31
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    发表于 2016.9.18 09:31:53 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2016.9.18 17:25:18 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.9.13 22:47
    当然你 输入Metallothionein后他会显示所有收录的有Metallothionein结构域的序列,包括 酵母的真核生物的 ...

    明白了,非常感谢~
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    用下载他的序列,用Blast软件比对。查看保守区
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