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[动植物denovo] 小白求助,WIN10系统下KAKS_calculator使用时,怎么得到axt文件?

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  • TA的每日心情
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    发表于 2017.12.13 21:04:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    我有一段目的序列(氨基酸序列),通过我的这个氨基酸序列BLAST到了多个物种的氨基酸序列(BLAST到共100多个序列)以及对应的CDS序列,通过muscle对比得到了对比序列文件CDS.FAS和PEP.FAS,我现在有了这些文件,然后怎么操作才能得到AXT格式的文件,KAKS_calculator需要输入axt格式的文件才能RUN,求大神解答。
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  • TA的每日心情
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    发表于 2017.12.14 08:33:57 | 显示全部楼层
    用ParaAT可以输出ParaAT: ParaAT.pl-h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc –f axt –k -o output
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     楼主| 发表于 2017.12.15 09:34:58 | 显示全部楼层
    Davey 发表于 2017.12.14 08:33
    用ParaAT可以输出ParaAT: ParaAT.pl-h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc –f axt –k -o out ...

    您好,我现在有cds和pep这两个文件,怎么得到test.homologs这个文件呢?
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    发表于 2017.12.15 10:37:32 | 显示全部楼层
    a601617165 发表于 2017.12.15 09:34
    您好,我现在有cds和pep这两个文件,怎么得到test.homologs这个文件呢?

    就是你要计算的那些paralog对应的id用tab键分割的文件啊,那个程序里面有示例文件,你可以看一下,也可以自己写脚本进行转换
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  • TA的每日心情
    害羞
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    发表于 2018.5.22 16:20:51 | 显示全部楼层
    Davey 发表于 2017.12.14 08:33
    用ParaAT可以输出ParaAT: ParaAT.pl-h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc –f axt –k -o out ...

    你好 为什么我的用ParaAT 总是显示sh: Epal2nal.pl: command not found
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    发表于 2018.5.27 09:17:43 | 显示全部楼层
    moon123 发表于 2018.5.22 16:20
    你好 为什么我的用ParaAT 总是显示sh: Epal2nal.pl: command not found

    脚本程序没有添加到环境变量里去。
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    发表于 2019.7.9 09:16:45 | 显示全部楼层
    Davey 发表于 2018.5.27 09:17
    脚本程序没有添加到环境变量里去。

    Checking input parameters: [OK]
    Use of uninitialized value $PATH[22] in concatenation (.) or string at C:\Users\493462440\Desktop\ParaAT2.0\ParaAT.pl line 470.
    Checking Epal2nal.pl: [NA]
    Please make sure Epal2nal.pl is executable (+X) and put into the global directoryy.

    你好,请问我已经添加进Path了,为什么还显示这个????要疯掉了
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    发表于 2019.7.9 16:41:01 | 显示全部楼层
    M天空之海M 发表于 2019.7.9 09:16
    Checking input parameters: [OK]
    Use of uninitialized value $PATH[22] in concatenation (.) or strin ...

    你有给这个脚本加执行权限吗?
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    发表于 2019.7.10 17:56:39 | 显示全部楼层
    Davey 发表于 2019.7.9 16:41
    你有给这个脚本加执行权限吗?

    啊 具体怎么改执行权限呢
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    发表于 2019.7.10 19:34:17 | 显示全部楼层
    chmod +x Epal2nal.pl
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    发表于 2019.7.10 19:34:37 | 显示全部楼层
    M天空之海M 发表于 2019.7.10 17:56
    啊 具体怎么改执行权限呢

    chmod +x Epal2nal.pl
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    发表于 2019.7.11 14:51:08 | 显示全部楼层
    Davey 发表于 2019.7.10 19:34
    chmod +x Epal2nal.pl

    哦哦 我是不是要先下载安装 Cygwin,我没下载 之前
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