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进化树构建相关问题

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  • TA的每日心情
    害羞
    2018.8.6 17:29
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    发表于 2018.9.26 16:32:44 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    请教一下大家,我通过blastP和hmmer search 的方法,拿到了一个基因家族,对结构域区域的序列进行比对的时候可以 很好的比对。但是利用成员的全长蛋白序列进行比对时,就会出现一些问题。主要是应该比对上的地方比对不上,比对结果而无法进行构树。请各位大神解释依稀。
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  • TA的每日心情

    2020.1.13 19:22
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    发表于 2019.7.9 21:14:36 | 显示全部楼层
    这应该很正常吧,我们的有个家族蛋白就是根据结构域进行的聚类,其他地方差异非常大,比如有信号肽的差异等。
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  • TA的每日心情
    忙~
    2020.1.15 09:39
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    发表于 2020.1.15 10:03:58 | 显示全部楼层
    可以试试其他的构树方法,例如NJ,ML...
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  • TA的每日心情
    忙~
    2020.1.15 09:39
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    发表于 2020.1.15 10:05:25 | 显示全部楼层

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