楼主: hht0529

【主题帖】OS-tools 趋势分析图工具使用教程和参数详解

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    发表于 2018.11.13 20:10:40 | 显示全部楼层
    学习啦~感谢老师~~
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    发表于 2018.11.19 17:28:54 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.19 23:10
    1. 背景介绍和原理  我们趋势分析的方法,其实参照一款非常有名软件STEM(Short Time-series Expression Mi ...

    周老师,可以进行多个样本的趋势分析么?我有10个品种,5个时间点。
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    发表于 2018.11.19 22:10:43 | 显示全部楼层
    kuku93 发表于 2018.11.19 17:28
    周老师,可以进行多个样本的趋势分析么?我有10个品种,5个时间点。

    你这个适合用WGCNA。
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    发表于 2018.11.19 22:20:41 | 显示全部楼层

    WGCNA分析一般划分多少个模块?这些样品是每个时期进行WGCNA分析还是对所有样品一起进行分析?
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    发表于 2018.11.20 22:02:00 | 显示全部楼层
    kuku93 发表于 2018.11.19 22:20
    WGCNA分析一般划分多少个模块?这些样品是每个时期进行WGCNA分析还是对所有样品一起进行分析? ...

    所有一起分析。 看软件区分多少个,不用你预先确定。
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  • TA的每日心情

    2018.12.25 11:04
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    发表于 2018.12.5 17:26:08 | 显示全部楼层
    棒,虽然每次看过后都记不住全部,现在操作后,再来看,又明白的多一点
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.1.12 16:51:27 | 显示全部楼层
    本帖最后由 DHW9822 于 2019.2.24 00:51 编辑

    请教老师,输入的差异基因应该是  0h vs 3h; 3h vs 6h;  6h vs 9h; 还是通通和对照比?亦或者两种差异基因都是可以的,根据生物学问题来看?
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  • TA的每日心情
    no
    4 天前
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    发表于 2019.3.15 14:36:28 | 显示全部楼层
    超棒
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  • TA的每日心情

    4 天前
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    发表于 2019.3.22 19:06:40 | 显示全部楼层
    我要分 因为我要用工具  分不都够啊
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  • TA的每日心情

    4 天前
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    发表于 2019.3.26 12:08:38 | 显示全部楼层
    您好!能介绍下K均值聚类对差异基因进行共表达趋势分析的方法或者教程吗?我这样本少,不适合做WGCNA分析,用这个趋势表达分析选择第三个不做标准化出来的结果不理想,样本有两个材料不同时间点,每个材料都有一个对照,第一种log2标准化不适合用。我看其他类似处理的文章做出来的是这样的(见附件),请教这个怎么做?谢谢!平台上的热图分析做不了,差异基因大于20000个,跑不出结果,一上午啥也没干,郁闷............

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    发表于 2019.4.16 10:43:32 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.19 23:10
    1. 背景介绍和原理  我们趋势分析的方法,其实参照一款非常有名软件STEM(Short Time-series Expression Mi ...

    请问软件中可以添加生物重复文件的,是不是每组生物重复的表头,也就是第一行的标号必须和默认上传的第一次一模一样?还是按照1,2,3标出第一次、第二次重复、第三次重复?
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.4.16 10:45:58 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.19 23:10
    1. 背景介绍和原理  我们趋势分析的方法,其实参照一款非常有名软件STEM(Short Time-series Expression Mi ...

    请问这里的P值和差异分析的P值不是同一个吧,但是用这个STEM做的时候是否需要事先对所有组两两之间先做差异显著性检验?如果直接用这个做的话,如果不设2倍的卡值,是否不够显著?
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  • TA的每日心情

    2016.5.29 11:23
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    发表于 2019.4.19 14:20:19 | 显示全部楼层
    我不是来灌水的,就是想知道帖子怎么收藏呀,宝宝们
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  • TA的每日心情
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    3 天前
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    发表于 4 天前 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.19 23:10
    1. 背景介绍和原理  我们趋势分析的方法,其实参照一款非常有名软件STEM(Short Time-series Expression Mi ...

    周老师,我想用FPKM值进行stem分析,一个时间点做了3个生物学重复,有3个FPKM值,那我是将3个重复的fpkm值直接求平均值了再分析吗

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    取均值。  发表于 3 天前
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