查看: 699|回复: 1

[实验相关] 化合物和药物的研究指南:Drugbank数据库

[复制链接]
  • TA的每日心情
    害羞
    2019.9.24 10:09
  • 签到天数: 33 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    迅猛龙

    Rank: 8Rank: 8

    主题
    161
    奥币
    1930
    积分
    1895
    注册时间
    2015.11.14
    在线时间
    76 小时

    发表于 2019.8.29 10:23:49 | 显示全部楼层 |阅读模式


    DrugBank数据库是由加拿大卫生研究院(Canadian Institutes of Health Research)、阿尔伯塔大学和代谢组学创新中心(The Metabolomics Innovation Centre,TMIC)资助的综合型免费药物和药物靶标数据库。虽然是免费的,但是也有付费服务,适用于药企研发平台等。
    DrugBank综合了药物(即化学、药理学和药学)数据与综合药物靶标(即序列、结构和途径)信息。目前最新版是5.1.4,于2019年7月2日更新,包含13,339个化合物,其中小分子化合物2,596个,蛋白多肽药物1,289个,保健品130个,实验药物6,304 个,以及与药物相关的5,188个蛋白(如药物靶点、酶、转运蛋白)序列。数据涵盖范围以美国、加拿大和欧洲为主。数据库内容可以下载到本地。(高级检索需要注册Advanced Search)

    根据药物名称检索

    在这里我们以热门明星单抗 “keytruda”来看一下都能检索到哪些内容:(通用商品名可搜索,结果会显示为小分子化合物名称或抗体名称)



    一、简介包括药品名、结构式、商品名、剂型、规格、上市公司、cas号,分子量,IUPAC 名等信息。均有外链到其他数据库。




    二、药理学包括适应症、作用机制、毒理等信息。





    三、相互作用与其他药物、食物的相互作用信息。这部分可以给做药物相互作用毒理药理的同学参考。



    四、参考文献文献,其他数据库等,也可以下载FDA的说明书以及化学安全技术说明书。


    五、临床试验包括临床阶段,临床状态等信息。但是这个并没有链接到NIH的数据库。只能自己再去临床试验数据库查询。



    六、药物经济包括剂型、剂量、给药方式及相关专利信息。


    七、药物理化性质



    八、靶点包括药物作用的靶点,有的药物可能有多个靶点,而且可以查看靶点的详细信息。


    有的化合物是有质谱数据的。可供研究者参考。

    根据靶点检索

    这一项比较实用了,根据我们现在研究的靶点,可以立即了解到目前上市药物、具有市场潜力的待开发的药物信息。
    PD-1靶点“programmed cell death protein 1”为例进行检索。(不要输入缩写,搜索引擎貌似不支持缩写搜索)
    检索结果如下:靶点简述以及与靶点相关的药物。





    可以通过药物最后一行的“Details”查看药物具体信息。
    这一项搜索适用于根据靶点进行药物设计的同学。会显示已经批准的药物和在申报或在研的化合物。
    根据信号通路检索
    检索一个glucose相关的pathway



    Pathway链接到的是http://smpdb.ca (有兴趣可以下次介绍)。
    这是glucose-alanine cycle
    信号途径检索没有KEGG pathway那么全面。

    右侧界面可以把这个信号通路图变成你想要的样子。改颜色,改元件等等。



    其他检索

    Drugbank数据库可以对药物进行筛选查看,点击“Browse”。
    其中可以通过药品名,药物分类,作用途径,药物作用,药物分类,药物靶点等进行筛选查看。



    分类中可以选择是小分子药物(Small Molecule Drugs)还是生物药(Biotech Drugs),筛选项包括是否批准(Approved),是否保健品(Nutraceutical),是否违禁药(Illicit),研究药物(Investigational),撤回药物(Withdrawm),实验药物(experimental)。
    还可以选择属于美国、加拿大、欧洲的市场。
    在Drugbank主页面上部还有“search”选项,包括结构式,分子量,靶点序列等检索方式。
    以结构式检索为例,在左侧可以画结构式,右侧可以设置检索相似值等,对结构式进行模糊检索,可以找到与目标结构式相近的药物。感觉这个功能对药化的同学比较友好。可以看看合成的化合物结构类似化合物的靶点作为参考。



    …华丽丽的分割线…




    夏季霸老师:DrugBank实际上是个很有用的数据库,特别是对于中药和化合物研究,有很多可以借助DrugBank的地方。有兴趣的可以自己试试看,自己百度一下咯……感谢乔思邈给我们的这次分享,谢谢啦!好啦,今天就先策到这吧,祝你们心明眼亮。


    文章转载自微信公众号:实验万事屋。

    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    我的意中人是一个盖世英雄,有一天他会踩着七彩祥云来娶我……
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    14 小时前
  • 签到天数: 21 天

    连续签到: 5 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    2
    奥币
    148
    积分
    392
    注册时间
    2019.10.25
    在线时间
    11 小时

    最佳新人活跃会员


    发表于 2019.11.3 11:05:27 | 显示全部楼层
    感谢楼主分享!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表