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[其他] m6A-seq数据比对后绝大部分MAPQ很低

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钵水母

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发表于 2019.12.17 19:15:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 Chanel 于 2019.12.17 19:16 编辑

最近在做m6A-seq,数据过滤后用hisat2比对到基因组(斑马鱼),比对率很高,但绝大部分reads MAPQ都很低,按MAPQ >= 30过滤后,只剩5%左右,做了fastqc,数据质量很好,请问大神们可能是什么原因导致的?
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    发表于 2019.12.18 08:38:07 | 显示全部楼层

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    发表于 2020.1.10 15:28:40 | 显示全部楼层

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    我的也是这种情况,要不就不过滤Q30,要不就增加测序深度
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    发表于 2020.1.10 19:32:37 | 显示全部楼层

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