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[动植物denovo] 正选择分析

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  • TA的每日心情
    yes!
    2020.4.1 21:20
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    [LV.7]常住居民III

    钵水母

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    发表于 2020.4.1 21:23:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
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    请问,进行比较基因组分析,403个单拷贝同源基因,使用codeml包分析得到9个正选择基因,数量太少,请问该怎么调整参数增加正选择基因数目?之前看过周老师分享,可以选用ka/ks > 0.5阈值,得到弱正选择基因,请问在codeml中怎么调整ka/ks > 0.5作为阈值,该阈值有文献支持吗?



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