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分泌蛋白序列分类有什么方法吗?

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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.5.6 13:31:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    大家好!分泌蛋白主要包括消化酶、抗体、部分蛋白质激素这三类。我在http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 网站上做了分泌蛋白预测。现在想将预测为分泌蛋白的序列分类,大家有什么方法吗?
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     楼主| 发表于 2016.5.6 13:34:22 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
    忙~
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    发表于 2016.5.7 02:39:18 | 显示全部楼层

    序列分类? 那就是pfam注释,按照结构域对蛋白分类咯。
    @生物信息学 ,你怎么看。
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  • TA的每日心情
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     楼主| 发表于 2016.5.7 11:14:57 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.7 02:39
    序列分类? 那就是pfam注释,按照结构域对蛋白分类咯。
    @生物信息学 ,你怎么看。
    ...

    是想分成消化酶、抗体、部分蛋白质激素这三类。Pfam注释已经做过了,感觉结果不是很好!
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  • TA的每日心情

    2016.5.20 11:23
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    发表于 2016.5.10 09:10:08 | 显示全部楼层
    Ivan 发表于 2016.5.7 11:14
    是想分成消化酶、抗体、部分蛋白质激素这三类。Pfam注释已经做过了,感觉结果不是很好! ...

    简单粗暴点,直接进行功能注释(SwissProt或者NR库),然后用功能的关键词去搜索。

    另外可以去找找有没有这三大类蛋白专门的库,如果有专门的库用专门的库去进行注释会更准确些。消化酶可以用CAZy来进行注释。其他两个我就不清楚了。
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     楼主| 发表于 2016.5.10 10:00:07 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.5.10 09:10
    简单粗暴点,直接进行功能注释(SwissProt或者NR库),然后用功能的关键词去搜索。

    另外可以去找找有没 ...

    直接看功能注释尝试过了,头痛的是基因比较多,一个个看比较麻烦。anyway,thank you very much
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  • TA的每日心情
    yes!
    2020.1.7 16:33
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    发表于 2019.12.9 07:46:01 | 显示全部楼层
    我来看解答的。
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