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[动植物重测序] RNA-seq进行eQTL分析的一系列问题

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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.13 17:09:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    1、RNA-seq测序完,有的做了eQTL分析,根据我看文献的理解,做eQTL有两种,不知道对不对,请大神指教!做eQTL的方式:



    一是先做一个某种性状的GWAS分析,找到最显著的SNP位点,作为lead SNP,然后在这个位点周围上下游延伸比如100kb,把这个范围内的SNP当作基因型,然后用每个基因的表达量作为表型,用关联分析的方法对每个基因进行分析,最后找出显著关联的基因。这样找到的基因就是和某种性状相关联的基因;

    另外一种是在全基因组范围内,用所有的SNP对每个基因的表达量(基因表达量当作表型)进行关联分析,找出显著关联的位点,把一个区间内(比如5kb)的显著的位点定义为一个eQTL,用这个区间内最显著的位点作为lead SNP,用这个lead SNP的显著p-value作为这个eQTL的p-value,然后用这个eQTL和其他的eQTL做LD分析,通过r方过滤,确认最终的eQTL。这种方法确定的eQTL不和某一特定的性状关联。

    2、另外还有一种转录组关联分析的方法,我感觉和这个很像,也是用表达量作为表型,联合基因型进行关联分析,这个分析是用的线性回归,不知道和上面的eQTL分析有何区别和相似之处?

    3、关于GWAS,有的性状有多次重复,对每次重复进行GWAS分析,最后可能会出现只在某一次重复中才显著的位点,我想请问这种不在所有重复中检测到的位点能当成显著的位点吗?这会不会是假阳性?





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    发表于 2016.5.15 22:34:52 | 显示全部楼层
    跟帖的人比较少,我不懂只能学习下,灌个水啊
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     楼主| 发表于 2016.5.16 21:55:47 | 显示全部楼层
    这个咋木有人回答?是我问题问得不好么?有做过eQTL的来发表下意见和看法啊,大家共同学习噻
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    发表于 2016.5.17 11:07:15 来自手机 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.5.18 22:20:57 | 显示全部楼层
    @基迪奥-周煌凯  @Wuii  @Ivan 帮你圈大神解答
    事在人为~
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    发表于 2016.5.19 09:25:10 | 显示全部楼层
    1. 其实方法1和2本质是相同的。方法1可以认为是SNP 预筛选。因为方法2使用所有SNP进行分析,会面临运算量太大,运行周期太长的问题。
       因为eQTL分析,理论上有3个维度的信息——表型、表达量(也是一种表型)和基因型。其中,表达量是10E4数量级的数据,而基因型是10E6数量级的数据。在进行表达量和基因型关联的时候,总是要想办法预处理减少候选表达量和候选基因型的数量的。如果想减少表达量的数据,就预先进行表达量和表型的相关性分析,然后使用显著相关的表达量作为eQTL分析的表型;如果想减少SNP基因型的数据,就预先进行SNP基因型和表型的相关性分析,然后使用显著相关的SNP作为eQTL分析的基因型(这就是你说的方法1)。
        你说的方法2(所有SNP)不一定和特性表型相关,这其实不是本质问题——你最后加一步eQTL相关的SNP和表型的关联分析,不就搞定了。

    2. 转录组的联合分析本质相同。但使用转录组call SNP有两个问题:a)RNA-seq call SNP不大准,错误率较高;b)RNA-seq的SNP都在编码区。但理论上,eQTL关联的SNP很可能来自基因间区,尤其是启动子区,而这样的SNP RNA-seq是测不到的。


    3. GWAS如果性状有重复,如果重复来自不同环境(地点、年份),应该计算遗传力。然后每个重复独立进行GWAS分析,且每次的分析都有效;
        如果重复来自相同情况下的测试,则取平均值作为表型进行关联分析。


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    我是来学习的  发表于 2016.5.19 10:29

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    发表于 2016.5.19 17:07:28 | 显示全部楼层
    本帖最后由 yuzhe891 于 2016.5.19 17:09 编辑

    eQTL自己做,也是不省钱的啊,我看现在有些download别人的数据搞一搞还是现实的~~

    楼主的GWAS还想着重复,我理解的不太对么?GWAS的重复是什么?性状记好几次?
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     楼主| 发表于 2016.5.19 17:42:45 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.19 09:25
    1. 其实方法1和2本质是相同的。方法1可以认为是SNP 预筛选。因为方法2使用所有SNP进行分析,会面临运算量太 ...

    感谢周老师,解疑了
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     楼主| 发表于 2016.5.19 17:46:00 | 显示全部楼层
    yuzhe891 发表于 2016.5.19 17:07
    eQTL自己做,也是不省钱的啊,我看现在有些download别人的数据搞一搞还是现实的~~

    楼主的GWAS还想着重复, ...

    GWAS重复我不是写了是性状重复么,就是不同地点、年份之间这种重复。
    eQTL自己做不省钱是什么意思?是指我需要测序数据么?我已经测好了。不过周老师说的运算量大倒是真的
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    发表于 2016.5.19 17:57:11 | 显示全部楼层
    怒火凤凰 发表于 2016.5.19 17:46
    GWAS重复我不是写了是性状重复么,就是不同地点、年份之间这种重复。
    eQTL自己做不省钱是什么意思?是指 ...

    居然不在我们公司测序,不开心啊。
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     楼主| 发表于 2016.5.19 19:54:43 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.19 17:57
    居然不在我们公司测序,不开心啊。

    去年你们公司的人来开讲座的时候就已经测完了我们,是前年底就签的合同。不过我对那个公司不满意,以后自己当老板,肯定找你们啊

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    来日方长,哈哈。  发表于 2016.5.19 23:16
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    发表于 2016.7.4 16:43:15 | 显示全部楼层
    嘿嘿嘿,我也想做eQTL但是想问下:做eQTL要求的个体数是多少个呀?不同的表型的个体是要分开还是可以凑到一起做?
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    猫狗不理 发表于 2016.7.4 16:43
    嘿嘿嘿,我也想做eQTL但是想问下:做eQTL要求的个体数是多少个呀?不同的表型的个体是要分开还是可以凑到一 ...

    eQTL 本质是GWAS分析,或者说eGWS。没有200个左右的样本就分析的意义不大。你先理解GWAS,再去理解 eGWAS。
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    发表于 2016.7.6 16:23:39 | 显示全部楼层
    哇哦。。。只有50个样本。。。我先理解下GWAS吧
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     楼主| 发表于 2016.7.6 17:31:06 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.7.6 14:57
    eQTL 本质是GWAS分析,或者说eGWS。没有200个左右的样本就分析的意义不大。你先理解GWAS,再去理解 eGWAS ...

    周老师,做eQTL的软件和做关联分析的一样么?还是有什么专门的软件?
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    发表于 2016.7.6 23:07:03 | 显示全部楼层
    怒火凤凰 发表于 2016.7.6 17:31
    周老师,做eQTL的软件和做关联分析的一样么?还是有什么专门的软件?

    有专门的软件(提高运算效率),你可以查一下一些review。
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    发表于 2018.6.8 16:31:09 | 显示全部楼层
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    发表于 6 天前 | 显示全部楼层
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