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[其他] 求助:希望哪位大神能帮忙写个脚本解决下面这个问题?

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迅猛龙

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发表于 2016.7.27 08:26:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

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多个区间文件求交集(要求:重叠区域>50%,染色体号相同,才认为两个区域有重叠。分别输出两个文件重叠的结果,三个文件相互重叠的结果,四个文件相互重叠的结果....)
file1
chrstarend
chr1
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chr1
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chr2
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.....
file2
chrstarend
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发表于 2016.7.27 09:23:48 | 显示全部楼层

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这个是做什么?我一般帮人写脚本,要么我觉得这个东西特别有意义和感兴趣,要么是奖励足够丰厚,1w澳币
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帝王蝶

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发表于 2016.7.27 09:40:39 | 显示全部楼层

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你看看 bedtools intersect吧
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迅猛龙

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 楼主| 发表于 2016.7.27 10:25:56 | 显示全部楼层
基迪奥_罗玥 发表于 2016.7.27 09:40
你看看 bedtools intersect吧

这个好像只能比较两个文件啊。
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迅猛龙

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 楼主| 发表于 2016.7.27 10:28:31 | 显示全部楼层
基迪奥_罗玥 发表于 2016.7.27 09:40
你看看 bedtools intersect吧

multiIntersectBed 倒是能比较多个文件,但是好像不能设置覆盖度。
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迅猛龙

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 楼主| 发表于 2016.7.27 10:29:49 | 显示全部楼层
Wuii 发表于 2016.7.27 09:23
这个是做什么?我一般帮人写脚本,要么我觉得这个东西特别有意义和感兴趣,要么是奖励足够丰厚,1w澳币{:6_ ...

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帝王蝶

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发表于 2016.7.27 11:00:08 | 显示全部楼层
不要想着什么都是现成的啊。。。

Question: Bedtools Compare Multiple Bed Files?
https://www.biostars.org/p/13516/
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迅猛龙

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 楼主| 发表于 2016.7.27 11:18:09 | 显示全部楼层
基迪奥_罗玥 发表于 2016.7.27 11:00
不要想着什么都是现成的啊。。。

Question: Bedtools Compare Multiple Bed Files?

嗯,我也正在看这个帖子。
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