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[软件使用] 关于计算外显子的PSI值的问题,求解!

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钵水母

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发表于 2016.11.11 09:49:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Gcj 于 2016.11.11 14:05 编辑

现在在做splicing这一块,根据文献上的protocol,我需要先用STAR或者是tophat得到junctions.bed文件和aligned的文件,以供计算PSI值使用。前期的tophat或者是STAR结果都已经得到,现在在计算PSI这一步的第一步就出现了自己解决不了的难题。首先PSI的protocol文献


那么,第一步就是得到你所用的用来比对的genome的gtf文件,第二步



这是在Ensembl上下载的数据,同时,文献也给出了,UCSC的数据也可以




那么问题来了dexseq_prepare_annotation.py是只试用于Ensembl数据的,我也并没有找到文献中的dexseq_prepare_annotation_UCSC.py的script,文献中只是说这个script是基于dexseq_prepare_annotation.py的,具体是怎样的没有说。那么,我试着运行了一下,果然是出错的。




我认为出错的原因就是,这个script并不适用于UCSC的数据,可是我又找不到文献中所谓的dexseq_prepare_annotation_UCSC.py,请问有没有知道或者做过这样分析的大神?我要怎么解决这个问题....................




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