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[多样性测序] 微生物组间差异分析的神器——STAMP

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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.12.17 14:34:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
    做完宏基因组或者16S等多样性测序,想找出组间(例如处理组与对照组)的差异功能或差异物种,怎么办?

    我们常见的组间差异分析有metastats,LefSe等。但今天要为大家带来的是一款简单好用,而且图片能直接用于发文章的软件——STAMP



    STAMP这款软件来源于2014年的下面这篇文章。在短短一年半的时间里已经有160多的引用率,非常值得肯定。为什么呢?详细了解STAMP的人都知道,它的强大之处在于,能够分析两组甚至多组样本之间的差异KEGG、COG、任何分类水平的物种等。同时带有10多种差异检验方法可供选择,图形展示有柱状图、散点图等多种方式。而且每种图形都基本能直接用于发文章,操作又傻瓜简单,因此备受欢迎是必然的事情。



    01

    下载软件,安装后(至于下载地址?别急,看完了这篇介绍就会告诉你!)。

    02

    在应用之前,首先要整理STAMP文件,格式如下图。如果关心的是差异物种,那么前面几列是物种的分类等级,如果有5个等级(例如界,门,纲,目,科),那么前面就有5列(Hierachical level列)。接着后面就是每个样本的最小等级信息(sample列)。


    03

    文件格式的整理是个关键步骤。STAMP有两种输入文件方式:自己整理的STAMP格式文件;转换Mothur、Picrust等软件生成的其他格式文件为STAMP格式文件。如果选择第一种方式,打开软件后,点击左上角的“file”-“load data”,输入文件即可。


    如果选择第二种方式,则点击“file”后,再点击“create STAMP file”,里面可选择MG-RAST等多种文件来源。输入对应的文件之后,就可以转化为STAMP文件,然后再通过第一种输入方式去运行。


    04

    成功运行文件后,就可以有参数选择。其中参数1为等级分类:如果原始文件有5个物种分类等级(界,门,纲,目,科),那么想要找出组间“目”类别的差异,则在profile level那里选择“level 4”。参数2为分组比较情况,选择是多组比较还是两样本比较。参数3为分析条件:如选择哪一类型的检验方式等,因为不同检验方式会对结果有一定影响。一般常用的为T检验,Fish检验等。


    05

    选择完适当的参数之后,最后就是选择展示形式,也就是什么样的图形。如下图所示,有散点图、柱状图等多种多样的展示方式,其中每一个图形都是可以直接用来发文章的。如下面这个带有差异检验的柱形图,是不是在很多文章当中都见过呢?


    06

    最后的最后,就是输出图形。点击“file”-“save plot”就可以。有PVG、PDF、PNG等图片格式。


    小结:STAMP其实还可以用于画PCA图、热图等微生物群落分析中的重要图形。如果想要自己进行一些个性化的研究,STAMP是个不错的开始。啊,差点忘了,下载地址呢?在这:http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

    官方详细说明文档下载:


    软件下载:

    -------------------------------------------------
    更新:现在新版STAMP支持spf.txt.tsv三种格式的文件。如下图:




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    发表于 2016.12.17 18:58:24 | 显示全部楼层
    经典解读,
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    发表于 2016.12.21 09:17:14 | 显示全部楼层
    请问能分析真菌吗?
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     楼主| 发表于 2016.12.21 09:22:23 | 显示全部楼层
    shucanwei 发表于 2016.12.21 09:17
    请问能分析真菌吗?

    理论上差异分析都可以,与物种无关。可以分析树木种类差异,可以分析经济收入差异,可以分析真菌物种差异,可以分析细菌功能差异。
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    发表于 2016.12.21 09:25:41 | 显示全部楼层
    shucanwei 发表于 2016.12.21 09:17
    请问能分析真菌吗?

    ITS,18S一样的。
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    发表于 2016.12.21 09:45:23 | 显示全部楼层
    小瑶 发表于 2016.12.21 09:22
    理论上差异分析都可以,与物种无关。可以分析树木种类差异,可以分析经济收入差异,可以分析真菌物种差异 ...

    谢谢,那太好了
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    发表于 2016.12.21 09:46:09 | 显示全部楼层

    谢谢师兄,小师兄
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    发表于 2016.12.22 20:09:22 | 显示全部楼层
    绝对正解,很好用的软件
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    2016.12.14 16:02
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    发表于 2016.12.23 09:58:46 | 显示全部楼层
    好东西
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    发表于 2017.1.12 17:54:09 | 显示全部楼层
    能用个例子解释下03步中的creat profile就最好了,mother处理16s扩增子时有biom文件和mother自己的文件格式,MG-rast处理也会有文档格式,其他的RITA和CoMET格式不知是什么程序处理的。
    其实最想要用的,或者说最实用的是我们测序结果中有biom文档和详细的Excel文档,当我们分组不合理时公司处理的biom文档就不太适用了,有时候我们需要提出几组扩增子结果时,如果我们还要用stamp时就不得不再想办法跑一边数据。

    楼主如果能讲解下如何用简单的方法能把我们测序结果中的Excel数据转化为biom或其他合适的输入格式就最好了。或者说,如果有简单的办法把我们的测序结果转到biom也可以。比如mother的脚本、代码(这个是最方便的,因为大多数人用的是win系统,qiime用虚拟机对电脑负荷较大。。。)。先拜谢楼主了。
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    no
    2018.4.6 20:00
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    发表于 2017.1.12 17:59:56 | 显示全部楼层

    数据转换整理真的麻烦。。。但跟楼主说的一样,输入数据整理太太太。。。麻烦了。特别是我们想调整扩增子分组时,想对已有测序结果利用时。
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    2016.7.22 09:19
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    发表于 2017.1.13 09:42:20 | 显示全部楼层
    本帖最后由 基迪奥-小师兄 于 2017.1.13 09:52 编辑
    WatsonWoo 发表于 2017.1.12 17:54
    能用个例子解释下03步中的creat profile就最好了,mother处理16s扩增子时有biom文件和mother自己的文件格式 ...

    1. mothur还算简单的,自己建立STAMP的文件时候,输入tax和group文件就可以建立文件。
    2.一般这种biom和tsv的转换,暂时还是用qiime的convert命令,我没了解到有更好的办法,如果其他人有更好办法,也欢迎讨论。因为biom这种文件本来就是QIIME那群开发的人员玩得比较多,具体可了解一下http://biom-format.org/,用的也是python包。
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    发表于 2017.2.13 15:13:38 | 显示全部楼层
    微生物小白一个,即将接触群落分析,整理数据直接懵逼,有前辈指导下这种数据用stamp做合适吗,如何整理?C:\Users\A519\Desktop\QQ图片20170213151255
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    发表于 2017.2.13 15:14:42 | 显示全部楼层
    本帖最后由 Daniel 于 2017.2.13 15:18 编辑

    这种能整理好吗。。。

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    发表于 2017.2.27 09:23:42 | 显示全部楼层
    Daniel 发表于 2017.2.13 15:14
    这种能整理好吗。。。

    这只是一个OTU table,很多分析都是基于它的。所以是可以分析
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    发表于 2017.3.16 17:19:01 | 显示全部楼层
    STAMP输入的是excel格式吗,还是txt,还是csv呢,整理完应该保存成哪种
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    发表于 2017.3.16 17:34:57 | 显示全部楼层
    miss lu 发表于 2017.3.16 17:19
    STAMP输入的是excel格式吗,还是txt,还是csv呢,整理完应该保存成哪种

    物种信息需要的是stamp自己本身的文件,这个可以通过biom或者其他文件转化(上面有介绍如何转化)。分组信息输入CSV文件就可以
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    2017.4.5 14:56
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    发表于 2017.3.23 21:40:27 | 显示全部楼层
    小师兄请教下,我自己上传txt文件,为什么总是提示unknown parsing error[img][/img][img][/img]
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    发表于 2017.3.24 09:16:10 | 显示全部楼层
    任二宝 发表于 2017.3.23 21:40
    小师兄请教下,我自己上传txt文件,为什么总是提示unknown parsing error

    不识别txt文件的,要转化为biom文件,再转化为spf文件
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    2018.12.5 21:58
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    发表于 2017.5.8 20:40:52 | 显示全部楼层
    能否将例子的文件共享一下,自己学习操练
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