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代谢组oplsda分析图表结果解析

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    发表于 2016.12.17 23:45:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
    我有一个代谢组数据,样品处理48小时和72小时的比较,每个处理有12个样品,一共24个样品的代谢组定量结果,使用r的ropls包做opls-da分析,得到了一些图表,但是对其结果不是很理解,有没有知情的帮忙解答一下:
    R代码如下:
    x2 <- read.table("C:/Users/Administrator/Desktop/dmj.txt",sep="\t",row.names=1,header=TRUE)
    #x2数据第一列是样品(24个),第二列到最后列是样品中不同代谢物名称
    y <- read.table("c:/Users/Administrator/Desktop/dmc_gender.txt",sep="\t",row.names=1,header=TRUE)
    #y数据定义了我的24个样品中12个是48h的,12个是72h的
    library(ropls)
    faahko.pca <- opls(x2, plotL = FALSE)
    for(typeC in c("overview", "outlier", "x-score", "x-loading"))
      plot(faahko.pca, typeVc = typeC, parDevNewL = FALSE)
    #得到图1



    faahko.oplsda <- opls(x2, y[, "gender"], orthoI = NA,
                          plotL = FALSE)
    layout(matrix(1:4, nrow = 2, byrow = TRUE))
    for(typeC in
        c("overview", "outlier", "x-score", "x-loading")) plot(faahko.oplsda,
                                                               typeVc = typeC, parDevNewL = FALSE)

    #得到图2



    请问:
    图1中右侧两个图,上面那个图为何仅显示一个样品(s10.48h)我的理解是,它是个异常值,其他的点代表什么?下面那个图中为何仅有部分代谢物有名称显示?它们是在我两个处理中差异比较大的代谢物吗?

    图2中右侧两个图也有图1中的疑问,另外,左上图柱形图代表什么啊?左下得到的结果明显要好于图1的左下,横纵坐标代表什么啊?

    问的问题比较小白,网上找了一下资料,大部分都是讲的pls-da的原理,英文的居多,而且一大堆数学符号公式,没怎么弄懂,希望有大神能指点一二,给个方向,非常感谢!

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