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[转录组] 数据分析,没有CDS能建树吗?

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中华鲟

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发表于 2017.1.7 17:25:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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请教大家帮忙指点一下
先说一下自己的想法,看了福寿螺和泥螺那篇文章关于入侵机制的研究,P450基因的数量以及通过P450蛋白家族的建树,发现聚在CYP4家族的unigene都是来自入侵种福寿螺的,从而解释了福寿螺与本地种泥螺的区别。
我也是做两个种的比较研究,根据前人的研究,发现有反转录转座子(copia-like)插入了调节开花的基因KSN中,而另一个种没有反转录转座子的插入,所以他们有不同的开花习性(连续开花/一季开花)。在我的转录数据中(无参),根据Nr注释结果,发现在两个转录组中都有很多的unigene注释到各种类型的反转录转座子,其中在一个种有另一种没有的反转录转座子类型,我也想通过建树看看,是否有某一个亚家族在某个种中特异表达。不知道这样的想法是否可行?现在遇到的问题是,大部分unigene并没有完整的CDS, 正常通过RACE拿到全长的想法先放弃了。想通过BLAST从现有的unigenes中筛出尽可能与已公布物种的反转录转座子相似的unigene,用他们来建树看看。已blast了20个基因发现,blast的结果都不是跟反转录转座子相关的,难道这样做不可以吗?求指点!
       福寿螺和泥螺的文章就是分别从福寿螺210个P450 unigenes 和泥螺159个P450 unigenes 中,基于Nr database结果,挑出了60个序列相似性很高的序列,进行建树的。不知道作者的序列相似性是通过什么方法比的?
        请大神吗?帮忙看看,怎么做好呢?谢谢



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