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[转录组] 请教藻类无参转录组数据分析问题

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  • TA的每日心情
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    发表于 2017.2.5 15:49:24 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    背景:藻类无参转录组测序
    目前分析数据的过程中遇到一个比较困惑的问题。如果光从公司给的转录组标准化分析的结果出发,KEGG以及GO富集到的,或者差异基因聚类分析得到的结果根本就对应不上我关心的生物学问题(与生理生化的结果有差距)。然而我通过生物学pathway去找从我生理生化结果出发的相关通路或者相关基因,要么就是找不到,要么就是找到了FPKM值为0,要么就是差异不明显,我不知道如果遇到这些问题应该怎么解决,有没有比较好的解决方案。还有就是我做藻类的可能注释到的基因就相对来说比较少。那么我要怎么处理才能得到比较好的结果呢?现在虽然拿到了非常多非常多的数据,但是感觉都用不到的感觉,反而变得更复杂。有没有专家给点专业的意见。谢谢!!
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  • TA的每日心情
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    发表于 2017.2.7 15:52:33 | 显示全部楼层
    恩。一般遇到这种问题,则是一开始的实验设计没有太周全
    现在的情况吗,就要看个人追求的
    1. 找故事,也就是各种思考各种想各种虐,这个需要经验,时间,以及对各个生物学问题都有个人很前沿的简介...所以不实际
    2. 造故事,既然走到这一步了,肯定就是老板要文章,你也要文章,所以就招一大堆做类似实验的文章,比如同个物种,相近物种,或者找同一性状,相似形状,做了相似的实验设计,比如你时间序列就找时间序列的, case/control 就找 case/control , 对照着 做类似的分析就可以了,或者类似的写作就可以了
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  • TA的每日心情
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     楼主| 发表于 2017.2.8 02:01:10 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2017.2.7 15:52
    恩。一般遇到这种问题,则是一开始的实验设计没有太周全
    现在的情况吗,就要看个人追求的
    1. 找故事,也就 ...

    谢谢回复,看来只能这样了。我也是按你第二种造故事的思路正在做,而且找了文献中相关的一大堆基因,现在遇到的问题是某些基因的FPKM值为0,导致我想要讲的故事(代谢通路)中断了,遇到这个问题你会怎么处理?是就重避轻还是直接忽略?我一开始还怀疑是不是注释的问题,现在想想无参的,又是研究不广泛的物种,能有这样的结果已经不错了。我在想我需不需要重新注释一下?
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    发表于 2017.2.9 09:44:03 | 显示全部楼层
    XMU-WXW 发表于 2017.2.8 02:01
    谢谢回复,看来只能这样了。我也是按你第二种造故事的思路正在做,而且找了文献中相关的一大堆基因,现在 ...

    一般是避重就轻。
    具体为什么你觉得关键得到基因 FPKM是0 ,就不知道咯
    重新注释的花。。。也不知道了,。
    哈哈
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     楼主| 发表于 2017.2.10 01:40:12 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2017.2.9 09:44
    一般是避重就轻。
    具体为什么你觉得关键得到基因 FPKM是0 ,就不知道咯
    重新注释的花。。。也不知道了, ...

    先分析着试试看!~实在不行了再考虑重新注释!
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    yes!
    2019.9.24 11:53
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    发表于 2017.2.12 10:19:21 | 显示全部楼层
    这个问题很好啊,因为我也遇到了,首先你要相信公司给的数据分析流程,作为藻类来说,可能比较特殊,你关注的相关通路表达不显著有两个原因,第一是取样问题,时间点和处理有问题,不够显著,第二是通路调控更为复杂的问题,不是单纯的提高表达增加代谢流
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     楼主| 发表于 2017.2.13 11:01:37 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2017.2.12 10:19
    这个问题很好啊,因为我也遇到了,首先你要相信公司给的数据分析流程,作为藻类来说,可能比较特殊,你关注 ...

    这个无参就是这样,有参还好一点,我现在已经把我关心的通路上的基因一个一个找出来了,工作量太大了!~
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