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[软件使用] cytoscape数据筛选

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中华鲟

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发表于 2017.2.24 08:20:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
50奥币
各位大神,求帮忙。WGCNA结果用cytoscape呈现,有30个关注的目标基因且属于同一模块,想找出与这30个候选基因相关性TOM值排名前5或10 的其他基因,我只能一个基因一个基因的找,还是有其他快捷的办法,求指导,有的模块edge文件很大,我最大的有6G,在MAC上用excel都 打不开,小点的打开了,筛选起来也好慢,有没有更好的办法呢?谢谢大家。

点评

这个的确最好在本地使用perl脚本挑选。  发表于 2017.7.17 22:03
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帝王蝶

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发表于 2017.2.27 09:43:19 | 显示全部楼层
最近我也在做这方面的工作,碰到的问题跟你差不多,针对文件太大,无法筛选的问题我采用的是Linux系统下筛选,但是我只会一个一个的找
饿饿饿饿
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2017.2.27 09:56:51 | 显示全部楼层
郭利建 发表于 2017.2.27 09:43
最近我也在做这方面的工作,碰到的问题跟你差不多,针对文件太大,无法筛选的问题我采用的是Linux系统下筛 ...

谢谢,我找了师兄,用服务器给我筛的,谢谢
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钵水母

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发表于 2017.7.17 16:31:37 | 显示全部楼层
可以应用Python或perl
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草履虫

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发表于 2017.9.11 22:22:52 | 显示全部楼层
师兄是怎么用Cytoscape软件确定哪些化合物属于同一模块的那
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