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如何预测蛋白质的亚细胞定位?

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宣传达人优秀版主


发表于 2017.6.20 11:31:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
蛋白质亚细胞定位对研究蛋白质的功能非常重要。如果用传统的电子显微法、荧光显微法等进行亚细胞定位,要耗费大量的人力物力。

但是其实目前已经有非常多的软件和网站可以直接根据蛋白的序列,预测出所属的亚细胞位置。比如:targetP、SubLoc、WoLFPSORT等……
今天我们来说说蛋白质亚细胞如何定位。

1、首先要选择一个靠谱的预测网站,当然这种网站非常的多,今天就以其中一个为例,这个方法08年发表在nature protocols上。
Reference:Kuo-Chen Chou and Hong-Bin Shen, "Cell-PLoc: A package of web-servers for predicting subcellular localization of proteins in various organisms", Nature Protocols, 2008, 3, 153-162.
网址:Cell-PLoc 2.0 package is available at: http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/
2、我们需要获得蛋白的Swiss-Prot数据库的编号,因为这个网站使用的是这个编号。

3、然后就是根据自己的物种选择一个库,由于我们无参流程结果中Swiss-Prot的注释是没有分库的,其实我们预测也可以选择一个大库,比如假设我做的是红球藻,就直接选择真核生物。



4、接下来就是进去网站,把需要的物种包含的蛋白亚细胞定位的数据download下来了。






5、下图就是我们download的这个网站上收录的蛋白亚细胞位置信息,我们只要根据自己需要分析的蛋白的Swiss-Prot号,最后根据编号进行表格筛选就可以获得蛋白的亚细胞位置信息了。



*如果说我们分析的蛋白数目比较多,又不会筛选表格,怎么办呢?
没关系啊,直接用OmicShare上的表格筛选软件就可以轻松搞定了。今天就酱紫啦~


www.omicshare.com/tools



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功夫熊猫

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灌水之王


发表于 2017.6.20 15:29:28 | 显示全部楼层
占座。
哦一句
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钵水母

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发表于 2017.6.21 00:01:54 | 显示全部楼层
不错!,谢谢!
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帝王蝶

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发表于 2017.6.22 09:24:51 | 显示全部楼层
加油
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草履虫

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发表于 2017.6.22 11:19:05 | 显示全部楼层
方法很完美
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钵水母

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发表于 2017.6.25 03:16:10 | 显示全部楼层
不错,先学习学习!
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帝王蝶

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发表于 2017.6.26 09:00:15 | 显示全部楼层
6666
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草履虫

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发表于 2017.6.26 20:11:58 | 显示全部楼层
厉害了,已经试用过不错,推荐
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中华鲟

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发表于 2017.6.30 09:13:22 | 显示全部楼层
早早早,
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草履虫

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发表于 2017.7.5 17:49:41 | 显示全部楼层
学习了
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钵水母

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发表于 2017.7.12 21:20:06 | 显示全部楼层
赞一个
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版主

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突出贡献优秀版主


发表于 2017.10.9 22:04:09 | 显示全部楼层
小瑶这个Swiss-Prot数据库编号怎么着,我没找到
我要看看,我到底有多么的喜欢你!
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钵水母

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发表于 2017.10.23 19:11:09 来自手机 | 显示全部楼层
不错,用上了
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中华鲟

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发表于 2018.6.30 00:33:20 | 显示全部楼层
感谢分享!
签到中
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中华鲟

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发表于 2018.6.30 08:49:16 | 显示全部楼层
感谢分享,学习到了
加油,顺顺利利~!
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草履虫

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发表于 2019.6.22 19:18:57 | 显示全部楼层
  已经的蛋白质的定位呢?在哪些网站上可以查询呀? 求指导
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迅猛龙

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发表于 2019.7.10 18:19:32 | 显示全部楼层
这个网站只能一个一个序列找么?我的无参数据没有swiss-prot编号咋整啊?
忙起来忙起来!
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中华鲟

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发表于 2019.11.4 17:07:51 | 显示全部楼层
感谢楼主分享
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