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[文献解读] 全转录组关联分析和前沿热点分析

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  • TA的每日心情

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    发表于 2017.10.9 10:07:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
    全转录组是指细胞所能转录出来的所有类型RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)。目前针对非编码RNA的研究主要集中在small RNA,lncRNA和circRNA。对特定细胞的特定状态下全转录组的研究,可以从RNA层面系统地揭示生物学背后的转录调控规律。

    非编码RNA(small RNA,lncRNA和circRNA)和mRNA相互作用系统地参与转录调控

    1.为什么做全转录组?

    与单一的mRNA或ncRNA研究相比,全转录组主要存在以下优势:


    • 数据丰富:仅需构建两种文库(小RNA文库和去核糖体的链特异性文库)就可以同时分析4种RNA(miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA)的信息。一方面节省了样本量,另一方面使用同一批次样本提高了研究结果可比性。


    全转录组技术路线图

    • 全面的关联分析:可以进行两两间关联分析和两者以上ceRNA网络调控分析,不仅可以解释生物学现象背后的网络调控机制,而且有助于缩小筛选范围,挖掘关键基因。


    全转录组学优势

    • 前沿和热点研究:此外,丰富的RNA组学信息可以用来开展更多的研究(circRNA,sORF和小肽等)。


    sORF和其编码小肽的研究

    因此,选择全转录组测序,系统地研究各种RNA分子极其互作关系,逐渐成为研究转录调控的趋势,也是提高研究水平和文章档次的有力方法。

    2.全转录组核心关联分析

    关联分析内容:

    1.差异表达ncRNA的靶基因(根据序列结构和位置关系进行生物信息学预测);
    2.差异表达ncRNA和差异表达mRNA的正/负相关性分析;
    3.构建差异表达的ncRNA−mRNA两两互作基因调控网络;
    4.根据ncRNA和mRNA共享miRNA数量和unique MRE的数量分析ceRNA;
    5.对靶向mRNA进行功能富集分析和关键基因挖掘。

    关联分析思路:

    1.两两关联ncRNA−mRNA;
    2.ceRNA(miRNA依赖的数据关联,ncRNA−miRNA−mRNA)。




    3.前沿和亮点研究

    全转录组所获得的丰富的RNA组学信息可以用来开展更多的circRNA,sORF和小肽研究等。

    小开放阅读框,Small open reading frames (smORFs/sORFs)一般指 ≤ 100 codons的一类开放阅读框,常常在蛋白组注释过程中被忽略。sORFs在许多生物,包括人类基因组中大量存在,并且成百上千个已被发现能够翻译小肽 ≤ 100 amino acids(SEPs),行使重要生物学功能。但是,大量sORFs的遗传学功能和进化学方面的作用仍存在着许多的未知。

    小肽的生物学功能是多样的,主要包括:对传统蛋白的正/负调控,如胚胎发育(Toddler)、肌肉功能(MLN,DWORF,SPAR)、免疫相关(CCL和CXCL)、抗菌相关(chaperone DnaK)、干扰抑制转录因子(Id peptides);与疾病表型相关(U2HR);细胞质中促进线粒体加工(BCL-2);在细胞间信息交流和内环境稳态的配体和激素以及信号传导相关的Pki蛋白激酶抑制剂;参与调控代谢等过程。
    因此,系统地对小肽的研究有重要的研究价值。


    小肽生物学功能

    小肽研究方法和其它更多精彩内容,敬请关注基迪奥2017秋季学术宣讲之全转录组学。




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     楼主| 发表于 2017.10.17 17:57:13 | 显示全部楼层

    9月中旬就开始啦
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    good good. study
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    发表于 2017.11.22 13:04:14 | 显示全部楼层
    谢谢分享,请问第一张图是出自那篇文章?能否把文章或文章名给说一下?非常感谢
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