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[软件使用] 如何用Origin绘制“地图”插图?

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发表于 2018.4.12 09:17:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
在生命科学的文章中我们经常会见到“地图”插图,它可用来展示取样地点、种群地理分布、动物的迁徙、昆虫(帝王蝶,蝗虫、稻飞虱等)迁飞、植物病害流行、疾病传播等等。例如下面这些高分文章的插图:
(Science,2018)


(Cell Research,2016)


(Annual reviewof phytopathology, 2011)


(Nature, 2014)

毫无疑问,加入地图插图会使文章或演讲PPT增色不少,感觉无形中多了一种“全球性“的视野。但绘制地图插图绝不是件容易的事,从上面例子中风格各异的插图可以看出,大家所用的方法“很杂”。 我能想到的方法有:截取地图后用PS或AI做标记(数据较少时),也可用各种R包绘制,甚至动用地理信息专业的软件ArcGIS等,当然也有人用矢量软件如 Ai 的钢笔工具临摹出可分区着色的矢量图… 今天,给大家介绍个简单的方法,用Origin绘制以地图为背景的气泡图(类似上面第二个例子)。 数据准备手头没有类似群体研究的取样地点数据,就以之前的“不同省份引用Omicshare发表SCI的篇数”的数据为例,这里只用到经纬度数据(省会城市的)和对应的文章篇数(已用浅绿色标记),前者用来确定气泡在坐标区域的位置,后者决定气泡的Size(大小),如下图。。


经纬度数据可在网上搜索下载,也可在在线地图上手动拾取。 绘制过程
将上面的数据,粘贴到Origin的表格中,然后在Plot菜单绘制气泡图,方法如下。


数据的选择添加方法如下图。


点击Ok即可完成绘制,双击气泡,可更改气泡的填充颜色和边界颜色,不透明度,大小尺度等。气泡图就初步绘制好了(如下图),下面开始添加地图背景。

然后,在view菜单下打开Apps(快捷键:Alt+9)窗口,点击Google Map Import app,打开对话窗口。



地图背景导入使用选框(Area within ROI Box),选框可用鼠标贴近边框调整大小,指针在红色选框区域内拖动,移动选框;指针在红色选框区域外拖动,移动地图;鼠标中间滚轮缩放地图(可看到不同的层级)。

如果想要精确框选区域,可点击左上角的经纬度数值,手动输入经纬度数值,选框大小和位置随之更改。 Map Type有4种类型,这里选默认的Road Map,大家也可选地形图、卫星图等,这里不做展开,大家可自己探索。 Import to(导入到) 选 Graph Background;Label(地名)这里取消显示;勾选Rescle Layer by Map,这样会根据选择的地图区域自动调整坐标轴的范围。最后,点Import as Update将地图导入到已打开的图表。双击气泡,根据地图颜色,再调整下气泡的颜色和大小(Scaling Factor)等,结果如下图。


右键坐标轴标签,选 TickLabels,输入 \(a176) 到 Suffix 框中,给坐标轴标签加上单位“度”,方法如下图。


最终的结果如下图:



插件安装
在《如何用Origin绘制“聚类”热图?》一文已介绍Origin的强大的拓展工具(Apps),如HeatMap Dendrogram 插件。本文用到的插件和示例数据(见下图)已经上传到论坛,点击阅读原文可以下载。

插件的安装方法很简单,只要将.opx的文件拖拽到打开的Origin(注意安装9.5之后的版本)界面即可完成安装。 Google Map Import使用谷歌的服务,由于众所周知的原因,安装之后会出现打开Google Map Import并没有地图的情况。

这时不要急,人家考虑到了中国用户,在只要点Preference按钮把Word改为China,关闭重启软件即可,方法见下图。


参考文献
1. Delgado-BaquerizoM, Oliverio A M, Brewer T E,et al. A global atlas of the dominant bacteriafound in soil[J]. Science, 2018,359(6373):320-325. Wang G D, Zhai W, Yang H C, et al. Out ofsouthern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world[J].Cell research, 2016, 26(1): 21. Singh R 2. P,Hodson D P, Huerta-Espino J, et al. The emergence of Ug99 races of the stemrust fungus is a threat to world wheat production[J]. Annual review of phytopathology, 2011, 49: 465-481.
3. Zhan S, Zhang W, Niitepold K, et al. The genetics of monarch butterflymigration and warning colouration[J]. Nature, 2014, 514(7522): 317

      

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 楼主| 发表于 2018.4.12 09:19:05 | 显示全部楼层
示例数据下载:

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钵水母

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发表于 2018.4.12 17:36:41 | 显示全部楼层
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发表于 2018.4.15 16:48:08 | 显示全部楼层
原谅我连软件都没有下载成功
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 楼主| 发表于 2018.4.16 10:06:22 | 显示全部楼层
木兰的木兰 发表于 2018.4.15 16:48
原谅我连软件都没有下载成功

论坛搜索origin,有多种版本的可以下载
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发表于 2018.4.18 12:57:41 | 显示全部楼层
小圆 发表于 2018.4.16 10:06
论坛搜索origin,有多种版本的可以下载

下载成功了,图也画好了,只是如何导出?
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钵水母

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发表于 2018.4.18 19:39:02 | 显示全部楼层
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发表于 2018.4.19 00:07:47 | 显示全部楼层
非常有用!非常有用!
把握好时间来签到
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发表于 2018.4.19 22:38:01 | 显示全部楼层
为什么我下载的7.5和9.0的版本都没有APP那一个选项呢,没办法导进去地图
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发表于 2018.4.21 18:36:05 | 显示全部楼层
刘莹 发表于 2018.4.19 22:38
为什么我下载的7.5和9.0的版本都没有APP那一个选项呢,没办法导进去地图

在view里面
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草履虫

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发表于 2018.4.21 18:36:16 | 显示全部楼层
刘莹 发表于 2018.4.19 22:38
为什么我下载的7.5和9.0的版本都没有APP那一个选项呢,没办法导进去地图

在view里面
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发表于 2018.4.23 11:35:47 | 显示全部楼层
你好,你下载的是哪个版本的,我是9.0Pro,显示地图插件安装成功就是在view里找不到
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发表于 2018.4.24 14:59:19 | 显示全部楼层
图一那种颜色深浅代表数值大小 用什么工具可以绘制啊
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发表于 2018.4.25 10:19:09 | 显示全部楼层
刘莹 发表于 2018.4.23 11:35
你好,你下载的是哪个版本的,我是9.0Pro,显示地图插件安装成功就是在view里找不到 ...

要9.5之后的版本
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发表于 2018.4.25 10:31:53 | 显示全部楼层
mhsxsj 发表于 2018.4.24 14:59
图一那种颜色深浅代表数值大小 用什么工具可以绘制啊

R,Origin也行

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发表于 2018.4.25 15:16:53 | 显示全部楼层

谢谢诶  赶紧去试试
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发表于 2018.4.25 17:54:26 | 显示全部楼层
这种图用origin能画吗

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钵水母

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发表于 2018.6.11 12:01:39 | 显示全部楼层
mobai,gaixie
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发表于 2018.6.12 10:02:32 | 显示全部楼层
mhsxsj 发表于 2018.4.25 17:54
这种图用origin能画吗

也可以,可能需要等高线数据
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发表于 2018.7.13 22:24:04 | 显示全部楼层
这种图一的画法能给个教程吗?
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