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不会编程,也可以画小提琴图啦!

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推广达人宣传达人论坛元老


发表于 2018.5.25 09:15:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
                                                                                                   

在展示多个基因的差异表达时,我们常会用到火山图、热图、曼哈顿图等进行结果的统计与可视化,非常高大上。
但对于少数几个基因的话一般用什么来展示其表达差异呢,也有多种办法,比如箱线图,柱状图等。
小提琴图是箱线图与核密度图的结合,因其形态类似小提琴而得名,可展示任意位置的基因丰度。

2016年一篇AML遗传异质性文章中用小提琴图展示启动子epiallele对基因转录表达水平的影响,发表在Nature Medicine,2017年一篇PANS文章也用小提琴图展示了1124个转录和染色质修饰因子对侵入模块表达的贡献。


之前基迪奥已经介绍过用R语言绘制小提琴图的方法,但许多小哥哥小姐姐表示R语言需要一定的编程基础,难度较大。

今天Omicshare云平台重磅推出一款高颜值的小提琴图绘制工具,可对数据进行分析、可视化,导出出版级别的图片,帮助大家冲击高分文章。下面我们就介绍一下这款工具如何操作。

登录云平台


登录Omicshare云平台(网址:www.omicshare.com/tools),在“所有软件”中找到小提琴图。

图1.小提琴图工具位置展示

输入文件准备

点击图标进去之后,会跳转到操作界面。界面包括“数据输入”以及“作图参数”两部分。输入文件为txt格式,也可用excel另存为制表符分隔的txt格式,通过“选择文件”按钮,轻松导入数据,上传数据的格式可以通过点击“示例”查看。


图2. 数据输入界面展示

作图参数

为方便对图形进行修改,我们提供以下作图参数:其中数据散点系统是默认不显示的,大家可自行选择显示或不显示,图形名称暂不支持中文,图形默认颜色提供两种选择。自定义颜色是在调色板中选颜色,若不选择,就自动使用系统默认的骚气渐变色 ,你值得拥有~


图3. 作图参数界面

输出结果


在Omicshare的云平台提交任务数秒后会输出结果压缩包,包含分析结果数据表和小提琴图两部分:

1) 结果数据
提供xls格式表格下载,包括中位数、下四分位数、上四分位数、最大值等这些统计数据。


图4:分析结果数据

2) 小提琴图

小提琴图提供常见格式PNG及PDF版本下载。


图5: 小提琴图形展示

图形解读

为方便大家理解小提琴图,特做如下解读:

①白点代表中位数Q2(即数据中有一半大于中位数,在其之上,另一半小于中位数,在其之下);
②黑色矩形是下四分位数到上四分位数的范围,矩形上边缘为上四分位数Q3,代表数据中有四分之一的数目大于上四分位数,下边缘为下四分位数Q1,代表数据中有四分之一的数目小于下四分位数;
四分位间距IQR(上四分位数和下四分为数间距)长短代表非异常数据的分散和对称程度,长则分散,短则集中;
③上下贯穿小提琴图的黑线代表最小非异常值min到最大非异常值max的区间,线上下端分别代表上限和下限,超出此范围为异常数据  ;
④黑色矩形外部形状为核密度估计,图形纵轴方向长度代表数据弥散程度,横轴方向长度代表在某纵坐标位置数据分布量。
今天的内容就到这里啦~


               

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中华鲟

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发表于 2018.5.25 23:51:25 | 显示全部楼层
箱型图的变化版吗?
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帝王蝶

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发表于 2018.5.26 20:46:58 | 显示全部楼层
太棒啦!小编,这么好的平台有没有发文章?
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发表于 2018.5.30 09:29:14 | 显示全部楼层
一茶道人 发表于 2018.5.26 20:46
太棒啦!小编,这么好的平台有没有发文章?

太多了,统计得快吐血了
新的一天加油!
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管理员

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发表于 2018.5.30 09:29:57 | 显示全部楼层
shmilying 发表于 2018.5.25 23:51
箱型图的变化版吗?

箱图+核密度图
新的一天加油!
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发表于 2018.6.13 12:52:49 | 显示全部楼层
不错!点赞!
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钵水母

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