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推荐2个核酸序列翻译成氨基酸序列的小工具

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    发表于 2019.2.18 09:21:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
    之前,生信交流群(群号:154447756)有小伙伴想比较突变后的核酸序列翻译成蛋白序列与野生型相应序列的差异,问如何把核酸序列翻译成蛋白序列。



    这里为大家推荐2个在线小工具,可查找DNA或RNA序列的开放阅读框(ORF),同时将其翻译成氨基酸序列。虽然使用方法非常简单,但非常有用,比如可分析circRNA、LncRNA是否具有翻译潜能(是否有ORF)等。
    ExPASy Translate tool

    打开这个小工具的页面(如下)网址:https://web.expasy.org/translate/



    大家只需将核酸序列复制粘贴到序列框中,选择输出氨基酸序列格式(主要是如何突出起始和终止密码子),然后点 TRANSLATE SEQUENCE 按钮即可。 至于所用的“密码表”,用默认的Standard即可,如果有特殊需求,也可选用其他版本。点Genetic code,会进入所有密码表(共有31个)的介绍页面,如下图。



    下面是默认的标准密码子表:



    光说不练是假把式,这里用家鼠的AQP1序列(NM_007472.2)做简单的演示。回到首页,点New translate tool,进入新版translate tool的页面,如下,新版的用起来更舒服一点。



    把核酸序列粘贴到序列框中,参数保持默认,点TRANSLATE按钮即可完成翻译。



    在6个大的Frame中,选红色标记最长(中间无间断)的ORF作为翻译序列,如下图Frame1的第1个ORF。



    ORFfinder

    另一个在线小工具是NCBI的ORFfinder,如下:网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/




    使用方法和ExPASy Translatetool相似,在线版本的可提交的最长序列为50kb,当然也可以下载Linux本地版本,这样就没有序列长度的限制啦。这里仍以家鼠的AQP1序列(NM_007472.2)为例,这里将最小的ORF长度设为300nt,仅使用“ATG”作为起始密码,然后点 Submit 按钮。



    结果如下,共找到两个ORF,其中ORF1 (193~1002)与ExPASy Translate tool得到的序列(269aa)完全一样。



    在NCBI搜索AQP1序列(NM_007472.2),简单验证下这两个在线工具ORF的查找结果。可以看到两个工具的翻译结果与NM_007472.2的CDS区域翻译结果一致。


    以上就是这两个在线工具的介绍,今天的内容就到这里啦~

    本文作者:基迪奥莫北



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