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[软件使用] 推荐一个绘制基因结构的小工具

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    发表于 2019.8.12 09:14:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
    废话不多说,今天为大家推荐一个绘制基因结构的在线小工具:Exon-Intron Graphic Maker。它可以根据序列长度等比例绘制gene的结构元件,比如5' UTR、 CDS、 外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。

    它支持导出PDF格式的矢量图,可生成发表级质量的基因结构图。
    工具链接:http://www.wormweb.org/exonintron
    打开链接后,首页是这样子的:



    至于软件的使用非常简单,只要将对应区域的核酸序列复制粘贴到下图对应的文本框中即可。



    我这里举个简单的例子,假设已经从文献、数据库(如ensembl,下图)或是GTF/GFF文件拿到了准确的基因结构信息。



    首先,先把5' UTR和3' UTR的序列粘贴到相应的文本框中,然后将CDS序列复制粘贴到中间的文本框中,注意,外显子的序列用大写字母表示,内含子的序列用小写字母表示,如下图。小技巧:在word中通过快捷键Shift+F3快速切换选中字母的大小写。
    当然你也可以用逗号将外显子和内含子分隔开,空格不纳入序列长度的计算中。



    输入序列后,该工具会实时显示绘制结果,如上图,左边白色的矩形为5' UTR,右边白色的多边形为3' UTR。还可以在结构图上添加标记,第一个碱基对应的位置为1,我这里简单标记了转录起始位点和第二个内含子。

    此外,还可以添加蛋白的domain标记。注意,domain的开始位置(1)是起始密码子ATG,是基于氨基酸而不是碱基。可以用于设置domain的颜色为 black,red,green,blue,orange,purple和gray这7种颜色。当然调整颜色也不是问题,导出PDF文件后,可在Ai(Adobe illustrator)中进行后期调整。
    右上角的标尺默认长度(Scale length)为100 bp,我这里改为1000bp。

    调整满意后,可右键基因结构图,另存为PNG格式的位图。当然,为了便于后期使用Adobe Illustrator 或 Inkscape进行编辑,可点击Download High-Quality PDF按钮下载PDF格式的矢量图。

    最终的效果如下:



    好啦,今天的内容就到这里啦~


    本文作者:基迪奥莫北

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    发表于 2019.8.12 10:14:21 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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     楼主| 发表于 2019.8.12 10:38:42 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.8.12 13:52:25 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.8.15 17:49:34 | 显示全部楼层
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