查看: 533|回复: 0

[转录组] 深入翻译组:植物细胞里多种short ORF被翻译

[复制链接]
  • TA的每日心情

    2019.9.23 10:01
  • 签到天数: 101 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    392
    奥币
    1106
    积分
    5611
    注册时间
    2018.4.19
    在线时间
    893 小时

    推广达人宣传达人


    发表于 2019.8.13 14:20:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
    文章转载自微信公众号:植物生物技术Pbj

    几乎所有生物的基因组都包含数十万个短开放阅读框(sORFs; <100个密码子),其编码潜力已成为最近评述的主题。但是,基因注释算法通常不适合处理sORF,因为短序列是无法获得作为功能指标的高保护分数。然而,使用各种生物信息学方法,已经在包括果蝇,小鼠,酵母和拟南芥(Arabidopsis thaliana)在内的一系列生物中鉴定出具有高编码潜力的sORF。迄今为止,已在多种转录物中发现功能性sORF,包括mRNA的非翻译区(5'前导序列和3'前导序列),lncRNA和microRNA转录物(pri-miRNA)。

    sORF的转录并不一定表明它完成了任何生物学功能,相反,它是所谓的翻译噪声的一个组成部分。根据核糖体分析数据,在哺乳动物中数千个含有sORF的lncRNA区域显示高核糖体占据。然而,lncRNA可以具有与已知不翻译的经典非编码RNA(例如rRNA)相同的核糖体谱分析模式,暗示这些lncRNA不可能产生功能性肽。此外,有研究显示通过质谱分析鉴sORF-encoded peptides (SEPs)发现的肽比预测的sORF少得多。因此,SEP的丰度,寿命和其他特征通常不清楚。
    2019年8月6日,Genome Research在线发表俄罗斯科学家Igor Fesenko等题为‘Distinct types of short open reading frames are translated in plant cells’的研究论文,研究人员分析了模式植物Physcomitrella patens(苔藓)中大约70,000个转录的sORF。苔藓基因组中存在几种不同类型的sORF,它们在转录本上的位置和进化保守水平不同。在所检查的10种植物物种中的至少一种中保存了超过5000种sORF。蛋白组学和肽类数据集的质谱分析表明,位于mRNA的不同部分和长链非编码RNA(lncRNA)的数十个sORF被翻译,包括保守的sORF。在单个基因座上的sORF和主要ORF的翻译分析表明存在编码具有组织特异性表达的多种蛋白质和肽的基因。



    根据lncRNA-sORFs具有组织特异表达以及组成表达的特征,研究人员认为稳定表达lncRNA-sORFs能产生功能性多肽。研究人员选取了3个保守的lncRNA-sORFs:Pp3c9_sORF1544, Pp3c25_sORF1253, Pp3c25_sORF1000,并做了过表达和敲除分析,发现这些sORFs编码的肽参与了苔藓中生长和分化的调节。敲除lncRNA编码的肽导致苔藓生长速率减弱,比如敲除Pp3c25_sORF1253编码的sORF导致丝体分支改变、侧丝体变短。相反,这些肽的过表达导致各种表型效应,比如过表达Pp3c9_sORF1544编码的sORF产生更长的轴丝体。该研究结果为在植物界发现新的生物活性肽开辟了新的途径。


    图1 苔藓基因组中几种不同的sORF



    图2 过表达和敲除几种sORF表型原文链接:https://www.researchgate.net/pub ... ated_in_plant_cells



    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    回复

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表