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[其他] 10x Genomics发布可解读单细胞ATAC质控文件web summary的技术手册

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发表于 2019.8.14 19:34:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
                                                                                                   


10x Genomics推出的单细胞ATAC解决方案,可以在单细胞水平上研究染色质可及性的差异,鉴定细胞类型特异的转录因子,进而分析基因转录调控机制,在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。
单细胞ATAC捕获的是染色质开放区域,所以数据的展示形式不同于单细胞转录组。Cell Ranger ATAC分析软件会输出一个HTML格式web summary文件,是判断单细胞ATAC实验结果质量的重要依据。图1. PBMC样品的web summary截图,预期细胞核数大概为5000个。



为了帮助用户更好的解读web summary中的各项指标和特征图表,我们撰写了技术手册供用户参考。技术手册包含两部分内容:1. 如何解读web summary中的各项指标技术手册对web summary中所列的各项指标的定义给出了详细的解释,对一些指标的数值也给出了参考范围。同时,如果实测数据的指标没有达到预期的范围,技术手册列出了可能的原因。例如,下面表格对测序指标给出了解释,read1和read2的Q30碱基比例应该在65%以上。这个指标与测序仪的型号有关,如果低于65%,意味着测序出了问题,可能是文库上机的浓度超出了最佳范围。表1. Web summary指标列表(部分)



2. 如何解读web summary中的特征图表Web summary中包含了多个图表,技术手册对其中的6个图表给出了详细的解读。例如,下面图表中给出的是片段分布图,黄色区域代表细胞核,蓝色区域代表非细胞核。黄色区域和蓝色区域重叠面积小,代表细胞核和背景区分度高,意味着样品质量高。相反,如果黄色区域和蓝色区域有大面积的重叠,代表细胞核和背景区分度不高,意味着样品质量较低。表2. Web summary特征图表(部分)



我们建议在拿到10x Genomics单细胞核ATAC实验结果后,首先浏览web summary,初步判断实验结果的质量,然后再进行下游的数据分析或进一步优化样品制备方法。您可以通过点击这里下载该技术手册

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中华鲟

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 楼主| 发表于 2019.8.15 09:21:35 | 显示全部楼层
大裤衩 发表于 2019.8.15 08:47
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老哥,现在可以了
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中华鲟

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发表于 2019.8.15 17:18:52 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2019.8.15 18:04:02 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2019.8.16 09:32:18 | 显示全部楼层
niujunli 发表于 2019.8.15 18:04
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中华鲟

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发表于 2019.10.27 09:28:44 | 显示全部楼层
优秀啊1
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