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[其他] GO数据库的分类层级说明

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    发表于 2016.4.26 11:44:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
    每次用GO分析宝宝就凌乱了,分类关系有传递性吗?怎么推导它们之间的调控关系?语义之间的关系怎么定义?嗯,躺枪的同学默默流泪好了……



    我们也是操碎了心,今天为大家科普一下GO数据库的规则。知识拿走,不谢~我们都知道GO数据的各个分类间(GO term)是呈现树状层级分类的(图1),那么层级间到底有什么样的关系呢,请看下面的图文解释:




    图1 GO term间的有向无环图

    一. GO term之间的关系

    分类之间关系的基本理解
    分类之间的关系有三种:is a、part of 和 regulates,接下来我们逐一来讲解每种情况。
    1.Is a · is a → is a
    Is a具有传递性,即如果A is a B,B is a C,那么A is a C。形式化表示为is a·is a→is a。例如下图:线粒体(mitochondrion)是一种胞内细胞器(intracellular organelle),而胞内细胞器是一种细胞器官(organelle),从而可以推出:线粒体是一种细胞器官。


    图中的实线表示结点之间的关系,虚线表示推理而并未证明的关系。
    2.Part of · part of→part of
    Part of具有传递性,如果A is part of B,B is part of C,那么A is part of C。形式化表示为part of·part of→part of。同样如下图所示:线粒体(mitochondrion)是细胞质(cytoplasm)的一部分,细胞质又是细胞(cell)的一部分,从而可得出:线粒体是细胞的一部分。



    3.part of · is a /is a · part of → part of
    如果关系is a与part of组合,则其关系均为part of 。分别如下图所示:



    调节控制关系及其推导
    GO term中,如果某一过程直接影响另一过程或参数值(quality)的表现形式,我们称前者调节控制(regulates)后者。被调节的对象可以是一个过程,如生物通路、酶促反应等,也可以是一个参数值,如细胞大小,pH值等。与part of类似,调节控制关系也是充分非必要的,即:B能且仅能调节控制A,而A并非只受B的调节控制。例如:cellcycle checkpoint(细胞周期检查点)总是调节控制cellcycle(细胞周期),然而细胞周期并不单独受细胞周期检查点调节控制,还受其它过程的调节控制。
    Regulates · is a →regulates、is a · regulates → regulates以及regulates · part of →regulates均为正确的推导关系,有点晕了是不,看下面示意图会清晰一点:


    另外,截至目前,尚不能确定part of · regulates→???、regulates · regulates→???为何种关系。
    二. GO的组织结构

    GO委员会除了要定义语义(term)以外,还要定义该语义与其它语义之间的关系,使语义总体构成有一定结构的语义词汇表。Ontology的结构可以用图表示,其中语义表示为结点,其间的关系表示为结点之间的边。当然GO语义之间的关系是单向的,例如:线粒体(mitochondrion)是一个细胞器(organelle),可以表示为:A mitochondrion is an organelle,但反过来不成立,细胞器不是一个线粒体!
    在这种意义上说,ontology的结构更像是有向非循环树,其中离根结点越近的结点越概括,离叶子结点越近的结点越具体,GO 定义的术语有着直接非循环式(directed acyclic graphs)的特点,而并非是传统的等级制定义方式(随着代数增加,下一级比上一级更为具体)。
    但与有向非循环树不同的是,ontology结构图中的结点可以有两个及其以上的父结点。例如:生物过程当中的语义已糖合成就有两个父结点,已糖代谢和单糖合成。其并不难理解,因为已糖(hexose)是一种单糖(monosaccharide),生物合成过程(biosyntheitcprocess)也是一种生物代谢过程(metabolicprocess)。
    Anyway,ontology中部分语义结构的图形化看这里:



    三. GO聚类分析




    文章中出现的GO聚类分析的图表,列出了第一class和第二class,便于反应差异基因的生物学特性。第二class中的每个term又包含很多的子term。经常会有gene产物对应多个term,比如参与多个生物学过程,在多个细胞组分出现等。一般每个term都会对应多个基因产物。
                        

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    发表于 2016.4.26 12:31:42 | 显示全部楼层
    长知识了,学习一下,controlled, hierarchal, directed acyclic
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    发表于 2016.4.26 14:09:35 | 显示全部楼层
    (点击阅读原文查看拓展阅读:Can a single gene product be annotated with more than one GO term? )
    链接不见了
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.4.26 16:47:29 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.4.26 14:09
    (点击阅读原文查看拓展阅读:Can a single gene product be annotated with more than one GO term? )
    链 ...

    你知道得太多啦!
    补上链接:http://geneontology.org/faq/can- ... ed-more-one-go-term
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.4.26 18:35:08 | 显示全部楼层
    小瑶 发表于 2016.4.26 16:47
    你知道得太多啦!
    补上链接:http://geneontology.org/faq/can-single-gene-product-be-annotat ...

    热爱学习的小伙伴啊,都是这样的一丝不苟,帅气凌人
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.4.26 20:58:10 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2016.4.26 18:35
    热爱学习的小伙伴啊,都是这样的一丝不苟,帅气凌人

    是美丽可爱好吗
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  • TA的每日心情
    好棒
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    发表于 2016.4.26 22:26:06 | 显示全部楼层
    我居然看完了
    我要看看,我到底有多么的喜欢你!
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  • TA的每日心情
    吃饭
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    发表于 2016.4.27 10:18:16 | 显示全部楼层
    我也学这个。难
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.8 21:35:51 来自手机 | 显示全部楼层
    学习了,多点类似的帖子,我们小白就成长了。
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    2016.5.19 11:44
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    发表于 2016.5.18 11:24:39 | 显示全部楼层
    本人新手,学习学习
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    2016.7.3 23:17
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    发表于 2016.5.22 13:20:49 | 显示全部楼层
    学习ing
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  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
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    发表于 2016.5.25 16:21:18 | 显示全部楼层
    从临床狗跳到生信坑,天了噜,面对这么多知识,简直要爆炸了
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  • TA的每日心情

    2017.10.31 19:51
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    发表于 2016.5.31 12:54:12 | 显示全部楼层
    学习了~~~~~~
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.3 00:36:37 | 显示全部楼层
    长知识了
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    2018.4.11 20:06
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    发表于 2016.7.13 17:28:35 | 显示全部楼层
    学习了。现在天天泡你家论坛看帖子

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    哈哈  发表于 2016.7.14 11:19
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    发表于 2016.7.29 17:50:05 | 显示全部楼层
    GO 分类的第二class和第三class的GO聚类,各类的terms是怎样的?比如nucleotide binding这一term属于第几class term啊
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    发表于 2016.8.23 11:22:11 | 显示全部楼层
       GO数据库的分类层级一共可以分为几个层级?
       文章中出现的GO聚类分析的图表,列出了第一class和第二class,第二class中的每个term又包含很多的子term,这些子term可以理解为是第三class,那么还有分为第四class吗?
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  • TA的每日心情

    2016.7.14 19:45
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    发表于 2016.8.31 09:08:42 | 显示全部楼层
    看了,但还是不是特别懂
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    2016.9.5 21:18
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    [LV.1]初来乍到

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    发表于 2016.9.5 21:11:53 来自手机 | 显示全部楼层
    如果可以分很多层class的话go数据库早分了,之前看过,底层的go可能对应好几个第二class的,而且时不时的还有些废弃的go
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