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如何利用组学新技术发表高水平文章

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发表于 2019.12.4 10:33:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
​一想到系统发生树,大家可能就会联想到进化分化时间。在基迪奥的重测序红宝书中,我们已经对发生树进行了细致的解读。树型结构,只能由于评估个体样本间的相对差异度——也就是距离,并不包含分化时间这一信息。

那么,两个物种(个体)的分化时间该如何计算获得呢?

图1 树的结构往往让我们联想到分化关系以及分化时间

在小学数学课上,其实我们都学过:如果两辆汽车从同一个地点出发,然后相背而行,在行使一定时间后,存在3个变量。两者的距离D,两者相对速度(也就是他们的速度之和V1+V2)、和行使的时间T,存在非常简单的线性关系(就是距离=相对速度×时间,如图2)。

图2 小学学过的知识虽然很基础,但却可以用一辈子

类似的,对于物种进化和分化来说,对应的问题是一样的。两个物种在分化前,共享1个共同祖先,这时候它们分化的时间是T=0。但如果它们因为地理隔离等因素分化为两个种群后,开始朝着两个不同的方向演化。

那么就如同汽车分离问题一样,两者以相似速度累积突变(近缘种的核酸突变速度是类似的),导致它们差异越来越大。在分化一定的时间(T)后,它们的核酸替换率(相当于两个序列的差异,也就是平均每个位点的突变次数)是K ,而如果我们知道它们的核酸突变速度r (单位一般是每个位点每年的突变概率),那么就可以从公式反推它们的分化时间T=K/2r。

这就是最简单基础的物种分化时间方法。当然,实际操作的时候,会涉及多种不同的计算方法。关于核酸突变速度和分化时间的问题,文字介绍比较枯燥,在明天(12月4日,周三)下午4点的直播课堂中周老师会进行在线讲解。

课程主题:《核酸突变速率与物种分化时间预估》
时   间:12月4日(周三)16:00
直播QQ群:基迪奥OM基因组群(903695710)


除了周老师的课程,周四还有空间转录组这样的新技术课程。

三维结构在生物学研究中一直有着举足轻重的地位,在医学检验中的CT技术、造影技术提供了三微视角的病理分析,在生物学研究中的蛋白晶体技术提供了单分子的三维结构信息。

转录组学的样本都是离体样本,无法获知组织中具体位置细胞的转录本信息。空间转录组技术的出现使得组织空间位置的转录本信息的获取成为可能。

空间转录组技术主要结合组织切片技术,在锚定空间位置信息的同时进行高通量测序,测得的转录组信息具备映射回对应组织位置的能力。我们可以从测序结果中获得组织对应位置的转录本信息,进而构建样本的空间序列表达图谱,为胞间作用、疾病发展和肿瘤研究等研究方向提供了全新视角。


在周四(12月5日)下午4点的直播课堂中,将从空间转录组的概念、意义、技术内容和应用情境四个方向为大家讲解这一新技术,带大家领略转录组学空间序列分析的独特视角。

课程主题:《三维空间新思维探索转录组数据》
时    间:12月5日(周四)16:00
直播QQ群:基迪奥10x单细胞交流群(837858821)


除了本周的直播课程,本月还有更多的干货。具体的课程安排如下表:


大家可以根据自己感兴趣的内容,加入相应的QQ群观看直播课程,下面是另外两个群的二维码:


今天的内容就到这里啦~

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钵水母

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发表于 2019.12.4 19:20:50 | 显示全部楼层
很好
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帝王蝶

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发表于 2019.12.4 21:23:41 | 显示全部楼层
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中华鲟

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发表于 2019.12.5 08:04:44 | 显示全部楼层
感谢楼主分享~~
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钵水母

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发表于 2019.12.5 08:31:52 | 显示全部楼层
图2 好像是初中物理知识
早上好
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中华鲟

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发表于 2020.1.31 19:08:11 | 显示全部楼层
多组学分析是筛选关键因子的重要手段,也是当前科研研究主流方法,思路,创新很重要,希望能更完善详细内容啊,感谢分享!
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