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[转录组] 救命啊! 我怎么获得GENE id

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钵水母

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发表于 2019.12.4 22:33:16 | 显示全部楼层 |阅读模式

这些我GENE iD 怎么转换给那种数字的ID

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中华鲟

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发表于 2019.12.5 08:03:22 | 显示全部楼层
gProfiler,可以做ID转化,但是是模式物种的ID转换。一些非模式物种不行。可用脚本转换成数字ID。
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中华鲟

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发表于 2019.12.5 08:07:25 | 显示全部楼层
同问,楼主解决了么
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钵水母

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 楼主| 发表于 2019.12.5 11:47:56 | 显示全部楼层
scspnc 发表于 2019.12.5 08:03
gProfiler,可以做ID转化,但是是模式物种的ID转换。一些非模式物种不行。可用脚本转换成数字ID。 ...

请问我现在有我做得这个种的另一个品种的KEGG KO号,可以直接用来做KEGG吗?
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钵水母

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 楼主| 发表于 2019.12.5 11:48:42 | 显示全部楼层
daipengbo1988 发表于 2019.12.5 08:07
同问,楼主解决了么

那个转数字ID的需要R包转,你可以百度找下R包
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中华鲟

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发表于 2019.12.6 08:02:31 | 显示全部楼层
如果品种之家差异不大的话,应该可以的。可以直接做KEGG富集分析~
好好学习
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钵水母

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 楼主| 发表于 2020.1.19 13:55:57 | 显示全部楼层
daipengbo1988 发表于 2019.12.5 08:07
同问,楼主解决了么

我直接利用KAAS做了蛋白质序列注释,获得KEGG分析结果,然后把蛋白质ID和基因ID对应下,应该就是基因的KEGG通路图
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钵水母

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发表于 2020.2.12 15:51:52 | 显示全部楼层
坐等大牛
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