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[软件使用] 如何用Origin 2020绘制“聚类”热图?

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    发表于 2020.5.13 09:43:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
    之前的《如何用Origin绘制热图?》已经介绍过如何用Origin的Heat Map Dendrogram插件绘制聚类热图,但有小伙伴反映新版的Origin 2020画的热图没有聚类树,我已把新版的插件上传的OS 论坛,通过文末提供的链接下载即可。

    下面就为大家介绍下如何用Origin 2020绘制“聚类”热图。

    数据准备与热图绘制


    本文的示例数据与《如何用Origin绘制热图?》一样,可到OmicShare论坛下载。为了方便展示,本文仅选择前4列数据用于作图。将数据粘贴的Origin的表中,如下图。


    然后,在view菜单下打开Apps(快捷键:Alt+9)窗口。


    点击Heat Map Dendrogram图标,打开绘图选项窗口,绘图的设置如下图。数据归一化(Standardize)这里选择Rows(按行计算,即按样本计算),聚类选择Both,对数据矩阵的行和列都进行聚类,聚类方法(Cluster Method)和距离类型选择默认即可。点击Ok,即可完成热图绘制。


    绘制的初始结果如下图:


    点击热图中央,使用Mini Toolbars快速修改配色。


    双击热图,在弹出的Plot Details 窗口对图表进行个性化美化,如更改Layer1的Size/Speed可以改变图表的宽度(见下图)。使用鼠标缩放颜色条,调整边框样式、标签字体大小等。


    颜色范围的自定义

    Level主要设置颜色条的刻度数值和范围。From…to…设置范围;Major Levels设置主刻度个数,Minor Levels设置中间插入的颜色数量,建议多设置一些让数据颜色条更光滑。其他参数不用调。


    颜色自定义

    Limited Mixing主要设置2种颜色渐变;3-Color Mixing,可以设置3种颜色的渐变;最重要的一个功能是可以设置中间颜色的位置,默认是50%,也就是中间位置。我这里调为数值为0.05时为中间颜色。其余的三种颜色调整主要是使用Origin自带的配色方案或自定义的配色方案。


    颜色条两端的颜色默认是黑色和白色,可设为none,或者设置为相邻的颜色。单击两端的颜色可通过Custom输入色号指定颜色。

    Tips:Custom的前几个颜色色板“ctrl+单击”,修改颜色;最后一个色板,单击即可添加颜色。


    右键颜色条,在属性窗口可调整颜色条的方向、刻度标签的位置等。



    Color bar thickness:颜色条的厚度;
    Label offset:标签偏移刻度线的距离;

    在Line and Ticks下可调整颜色条边框、线的粗细,刻度长短的调整。注意,这里的线和刻度是联动的,将边框调成白色可隐藏线。

    这里尝试将颜色条调到热图的顶端:


    最后,满意后关掉“加速模式”即可,热图的数据量不多,可直接关掉加速模式。


    最终效果如下:


    数据的归一化

    Origin 对数据Standardize的方式采用z-score标准化,即将数据与平均数(本文为每行数据的平均数)的差再除以标准差(本文为每行数据的平标准差)的过程。用公式表示为:z=(x-μ)/σ。这样做的目的是将大于平均数的数“转化”为较小的正数,小于平均数的数“转化”为较小的负数。当然这不需要我们手动去计算。

    插件(App)安装

    Origin的强大之处还在于具有很多官方的拓展工具(Apps),例如本文用到的HeatMap Dendrogram 插件。本文用到的插件和示例数据已经上传到Omicshare论坛,地址如下:http://www.omicshare.com/forum/thread-3573-1-1.html插件的安装方法很简单,只要将.opx的文件拖到打开的Origin窗口即可。




    本文作者:基迪奥-莫北

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    发表于 2020.5.13 19:58:10 | 显示全部楼层
    好棒呀我也想试试
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    发表于 2020.5.14 09:40:30 | 显示全部楼层
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    发表于 2020.5.16 17:14:36 | 显示全部楼层
    数据量太大怕是允许不了
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    发表于 2020.5.16 22:10:54 | 显示全部楼层
    先收藏一下
    尽快发士大夫
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