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[转录组] 3步预测基因的转录因子结合位点(JASPAR网站使用)

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发表于 2015.12.12 15:37:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

昨天楼主分享了如何根据转录因子来预测靶基因的文章(查看原文可以戳这里~),大家都觉得好实用,楼主也非常开心。{:8_420:}

那么从靶基因来预测转录因子结合位点(TFBS)可不可以呢,哈~楼主一样有教程~~ 今天用一个实例来一步一步讲解怎样做~

以转录因子HIF1A与基因PLOD2的TFBS预测为例。


方法如下:


一,检索转录因子(例如:HIF1A)TFBS信息



1、进入JASPARdatabase官网 http://jaspar.genereg.net/

2、输入对应的转录因子名称进行快速检索(例如:输入HIF1A),或者根据需要选择合适的数据库,确定ID、物种及类型等参数再进行检索。

3、检索到目标转录因子HIF1A的TFBS信息

4、在页面右侧的区域输入相应的目标序列(例如:基因PLOD2的启动子序列)。


二,检索基因的启动子序列(例如:基因PLOD2的启动子序列)
1、进入NCBI网站 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2、在检索栏中输入目标基因的名称(例如:输入PLOD2),并选择Gene数据库,点击检索


3、找到目标基因,点击“PLOD2”

4、进入目标基因页面之后,下拉至

5、找到目标基因的序列

6、启动子位于基因的上游2K区域,因此我们把"Selected region"往后延伸2K的区域;同时我们选择反义方向。

7、复制目标基因启动子序列信息,注意(序列信息上一行,“>”所在行也必须复制


三,检索转录因子HIF1A与基因PLOD2启动子区域的结合情况
1、将复制所得的基因PLOD2的启动子序列信息粘贴在JASPAER网站中转录因子HIF1A的TFBS右侧区域。注意,在转录因子HIF1A的TFBS信息栏前的方框内打勾“√”。


2、得到转录因子转录因子HIF1A与基因PLOD2的启动子结合的信息

duang~ 看到这里,TFBS就预测到了,有木有一点小激动?虽然过程有一丢丢复杂,但是按照上面的步骤来就木有问题了。(有问题的可以仔细重看步骤,或在下面评论留言~)

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帝王蝶

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发表于 2015.12.12 15:43:31 | 显示全部楼层
已经晕了
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 楼主| 发表于 2015.12.14 09:06:27 | 显示全部楼层

no~ 不晕,跟着步骤走就可以了{:8_414:}
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功夫熊猫

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发表于 2016.5.6 07:52:30 来自手机 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2016.5.25 10:43:53 | 显示全部楼层
恩,很好。
但是批量处理的话要怎么操作呢?@小瑶

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我不知道怎样批量处理  发表于 2016.5.25 14:39
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中华鲟

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发表于 2016.5.28 00:20:51 | 显示全部楼层
请问楼主,非模式丝状真菌可以预测转录因子吗?
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迅猛龙

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发表于 2016.5.28 09:27:25 | 显示全部楼层
谢谢小瑶
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帝王蝶

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发表于 2016.8.31 23:19:13 | 显示全部楼层

换句话说,已知目的基因,如何预测哪些转录因子调控它。

本帖最后由 hzauzc 于 2016.8.31 23:32 编辑

能否解答一下我的疑惑,你的操作貌似是知道转录因子调控的靶基因了,如果不知道调控靶基因的转录因子该如何预测呢?
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帝王蝶

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发表于 2016.8.31 23:30:34 | 显示全部楼层
小瑶老师,我不太明白一点,已知转录因子可以预测靶基因。那我知道一个目标基因如何预测哪些转录因子可以调控结合到这个目标基因呢?求告知
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 楼主| 发表于 2016.9.1 15:48:41 | 显示全部楼层
hzauzc 发表于 2016.8.31 23:19
能否解答一下我的疑惑,你的操作貌似是知道转录因子调控的靶基因了,如果不知道调控靶基因的转录因子该如何 ...

方法有很多,可以尝试通过软件扫描抓取已知基因上游启动子序列的TFBS,这类型的软件有:FIMO
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帝王蝶

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发表于 2016.9.1 17:32:28 | 显示全部楼层
小瑶 发表于 2016.9.1 15:48
方法有很多,可以尝试通过软件扫描抓取已知基因上游启动子序列的TFBS,这类型的软件有:FIMO ...

小瑶老师,请问有什么在线的网站可以完成么?比如说直接输入基因的启动子序列就可以预测出哪些转录因子可以结合到这些序列里面的哪些碱基。希望小瑶老师能够解答。
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 楼主| 发表于 2016.9.8 10:49:47 | 显示全部楼层
hzauzc 发表于 2016.9.1 17:32
小瑶老师,请问有什么在线的网站可以完成么?比如说直接输入基因的启动子序列就可以预测出哪些 ...

http://blog.sciencenet.cn/home.p ... =blog&id=276521
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帝王蝶

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发表于 2016.9.8 21:28:41 | 显示全部楼层
小瑶 发表于 2016.9.8 10:49
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=62193&do=blog&id=276521

谢谢小瑶老师的回复。
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中华鲟

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发表于 2016.12.6 15:32:35 | 显示全部楼层
小圆老师,想请问一个小问题
二,5,6步骤的时候,
加入第5步的序列式from 8000 to 12000,
那么第6步:6、启动子位于基因的上游2K区域,因此我们把"Selected region"往后延伸2K的区域;同时我们选择反义方向。
是不是就填 from 6000 to 12000?
谢谢。
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草履虫

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发表于 2016.12.20 10:51:20 | 显示全部楼层
非常有用的东西
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钵水母

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发表于 2017.4.10 19:52:00 | 显示全部楼层
可以用RSAT来抓取启动子区
新的一天加油!
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中华鲟

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发表于 2017.4.17 08:56:10 | 显示全部楼层
评分总分是多少呢?多少分算好的?谢谢
早早早,
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钵水母

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发表于 2017.8.29 17:20:13 | 显示全部楼层
有用,谢谢
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草履虫

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hzauzc 发表于 2016.8.31 23:30
小瑶老师,我不太明白一点,已知转录因子可以预测靶基因。那我知道一个目标基因如何预测哪些转录因子可以调 ...

同问啊 我也在找已知基因的启动子区域和调控它的转录因子
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钵水母

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发表于 2017.11.2 10:43:16 | 显示全部楼层
PLANTTFDB网站就可以
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