昨天楼主分享了如何根据转录因子来预测靶基因的文章(查看原文可以戳这里~),大家都觉得好实用,楼主也非常开心。{:8_420:}
那么从靶基因来预测转录因子结合位点(TFBS)可不可以呢,哈~楼主一样有教程~~ 今天用一个实例来一步一步讲解怎样做~
以转录因子HIF1A与基因PLOD2的TFBS预测为例。
方法如下:
一,检索转录因子(例如:HIF1A)TFBS信息
2、输入对应的转录因子名称进行快速检索(例如:输入HIF1A),或者根据需要选择合适的数据库,确定ID、物种及类型等参数再进行检索。
3、检索到目标转录因子HIF1A的TFBS信息
4、在页面右侧的区域输入相应的目标序列(例如:基因PLOD2的启动子序列)。
二,检索基因的启动子序列(例如:基因PLOD2的启动子序列)
2、在检索栏中输入目标基因的名称(例如:输入PLOD2),并选择Gene数据库,点击检索
3、找到目标基因,点击“PLOD2”
4、进入目标基因页面之后,下拉至
5、找到目标基因的序列
6、启动子位于基因的上游2K区域,因此我们把"Selected region"往后延伸2K的区域;同时我们选择反义方向。
7、复制目标基因启动子序列信息,注意(序列信息上一行,“>”所在行也必须复制)
三,检索转录因子HIF1A与基因PLOD2启动子区域的结合情况 1、将复制所得的基因PLOD2的启动子序列信息粘贴在JASPAER网站中转录因子HIF1A的TFBS右侧区域。注意,在转录因子HIF1A的TFBS信息栏前的方框内打勾“√”。
2、得到转录因子转录因子HIF1A与基因PLOD2的启动子结合的信息
duang~ 看到这里,TFBS就预测到了,有木有一点小激动?虽然过程有一丢丢复杂,但是按照上面的步骤来就木有问题了。(有问题的可以仔细重看步骤,或在下面评论留言~)
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