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蛋白组学发展趋势如何?

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    发表于 2016.5.19 10:40:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    自2015年8月开始看蛋白组学相关的知识和文献,但最后还是因为后期投入和不确定性还是放弃了蛋白组,从而做成熟的转录组。我想问,目前蛋白组学的大趋势,是顺利还是遇到瓶颈?
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    发表于 2016.5.19 11:48:20 | 显示全部楼层
    蛋白组主要依靠质谱鉴定,最大的限制是质谱仪的分辨率,鉴定蛋白的数量,同时蛋白组要有参考基因组,所以对于非模式物种鉴定到的蛋白数就更少了。比如,人的基因组解析比较完整了,编码蛋白基因2万个左右,但是通过MS质谱分析,蛋白组最多就鉴定到1万个左右的蛋白,而且这还是最好的结果,一般能检测8000个左右就不错了,这就是现在的最大问题。


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    发表于 2016.5.19 16:52:39 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.5.19 11:48
    蛋白组主要依靠质谱鉴定,最大的限制是质谱仪的分辨率,鉴定蛋白的数量,同时蛋白组要有参考基因组,所以对 ...

    求问版主,现在哪里做蛋白质组,在业内比较领先呢?
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    发表于 2016.5.19 17:06:15 | 显示全部楼层
    蛋白组现在遇到瓶颈了,文章越来越难发了!
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    发表于 2016.5.19 17:22:59 | 显示全部楼层
    yuzhe891 发表于 2016.5.19 16:52
    求问版主,现在哪里做蛋白质组,在业内比较领先呢?

    蛋白组主要依赖质谱,所以做蛋白组你首先问问公司用什么仪器做的质谱,其他公司我不了解,华大说他们引进了一台Thermo Scientific Q Exactive,算是比较好的仪器了,他也只敢说可鉴定多达6000种蛋白,所以现在由于质谱技术的限制,能鉴定到的蛋白数都差不多,这近期无法解决,所以主要看后续的分析,也就是多组学关联分析的问题,从这方面说的话还是要找分析能力强的公司
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    发表于 2016.5.20 11:33:54 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.5.19 17:22
    蛋白组主要依赖质谱,所以做蛋白组你首先问问公司用什么仪器做的质谱,其他公司我不了解,华大说他们引进 ...

    厦大生科院这边韩家淮院士基于AB 5600+质谱在nature method发表了一篇文章,针对定量质谱SWATH-MS数据处理软件。感觉还是很厉害,有兴趣的可以去下载看看!我这边附上一个链接!http://life.xmu.edu.cn/25/bf/c3784a75199/page.htm

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    hld8124 + 2 + 1 很给力!不错的分享

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    发表于 2016.5.20 12:09:51 | 显示全部楼层
    XMU-WXW 发表于 2016.5.20 11:33
    厦大生科院这边韩家淮院士基于AB 5600+质谱在nature method发表了一篇文章,针对定量质谱SWATH-MS数据处 ...

    不错,现附上这篇文章,供大家学习

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     楼主| 发表于 2016.5.20 16:07:58 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.5.19 11:48
    蛋白组主要依靠质谱鉴定,最大的限制是质谱仪的分辨率,鉴定蛋白的数量,同时蛋白组要有参考基因组,所以对 ...

    谢谢周老师的详尽答复,检测数量是一个问题,另一个问题就是现在用质谱再次检测质谱,这也是无奈之举,现在的抗体合成还是瓶颈,wb不好做啊
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     楼主| 发表于 2016.5.20 16:08:59 | 显示全部楼层
    yuzhe891 发表于 2016.5.19 16:52
    求问版主,现在哪里做蛋白质组,在业内比较领先呢?

    没有插广告嫌疑,华大蛋白、中科新生命都不错,艾比玛特的抗体也可以
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    发表于 2016.5.20 16:52:10 | 显示全部楼层
    xiaomaguohebjfu 发表于 2016.5.20 16:07
    谢谢周老师的详尽答复,检测数量是一个问题,另一个问题就是现在用质谱再次检测质谱,这也是无奈之举,现 ...

    我不是周老师,我是hld8124,
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     楼主| 发表于 2016.5.20 17:04:25 | 显示全部楼层
    hld8124 发表于 2016.5.20 16:52
    我不是周老师,我是hld8124,

    哦 sorry,有认识一个朋友
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    2020.2.1 08:04
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    发表于 2017.4.22 08:35:47 | 显示全部楼层
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    发表于 2017.4.29 23:32:08 | 显示全部楼层
    蛋白质组这两年发文章也有难度了
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  • TA的每日心情

    2017.5.9 21:06
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    发表于 2017.5.5 13:01:32 | 显示全部楼层
    拿到数据,分析也是重点
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    发表于 2019.12.7 08:04:49 | 显示全部楼层
    飞速发展。
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