功能:
输入原始序列和目标序列来进行Blast序列比对,并输出比对结果
输入:
①原始序列:可以选在文件上传和在线文档两种方式,数据格式为fasta格式
②目标序列:只有选择文件上传的方式,数据格式为fasta格式
参数:
①期望值:期望数据库中具有某一统计学意义配对序列的值。默认值为:10,期望值越低,限制越严格,甚至会导致无随机配对序列
②输出格式:多种输出格式任你选择
③不同blast程序说明和要求见下表:
程序模式:
程序 | 源序列类型 | 目标序列类型 | 介绍 |
---|---|---|---|
blastn | 核酸序列 | 核酸序列 | 对核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询 |
blastp | 蛋白序列 | 蛋白序列 | 对蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询 |
blastx | 核酸序列 | 蛋白序列 | 对核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询 |
tblastn | 蛋白序列 | 核酸序列 | 将核酸序列翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询 |
tblastx | 核酸序列 | 核酸序列 | 将核酸序列翻译成蛋白质序列,然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询 |
输出:
程序提供11种文件类型输出blast分析结果
示例文件:DNA原序列
>gi|397824|dbj|D17397.1|DOGCYP2D Canis lupus familiaris CYP2D mRNA for P-450 2D, complete cds GAGCACCCTGGCTGGCCAGCCCCAGGTCCCTGGTGTGGTGAGGGACACCGGCGTGCCCCACGAGCCCAGC GGGCACTGAGACAGCTATGGGGCTGCTGACCGGGGACACGCTGGGGCCCCTGGCCGTAGCCGTGGCCATC TTCCTGCTCCTGGTAGACCTGATGCACCGGCGCAGGCGCTGGGCCACACGCTACCCGCCAGGCCCCACGC CAGTGCCCATGGTGGGCAACCTGCTGCAGATGGACTTCCAGGAACCAATCTGCTACTTCAGCCAGCTGCA AGGCCGCTTCGGAAACGTGTTCAGCCTGGAGCTGGCCTGGACGCCGGTGGTCGTGCTCAACGGCCTGGAG GCGGTGCGCGAGGCCCTGGTGCACCGCAGCGAGGACACTGCCGACCGCCCACCTATGCCGATCTATGACC ACCTGGGTTTGGGGCCAGAATCCCAAGGGTTGTTCCTGGCGCGCTACGGGCGCGCGTGGCGCGAGCAGCG GCGCTTCTCGCTGTCCACCCTGCGCAACTTCGGCCTGGGCAGGAAGTCCCTGGAGCAGTGGGTGACCGAG GAGGCCTCGTGCCTCTGCGCGGCCTTCGCCGAGCAGGCGGGCCGCCCCTTCGGCCCCGGCGCGCTGCTGA ACAAGGCGGTGAGCAACGTGATCTCGTCGCTCACCTACGGGCGCCGCTTCGAGTACGACGACCCGCGGCT GCTCCAGCTGCTGGAGCTCACCCAGCAGGCGCTGAAGCAGGACTCCGGCTTCCTGCGTGAGGCCCTGAAC TCCATCCCCGTGCTCCTGCACATCCCGGGACTGGCCAGCAAGGTCTTCTCCGCGCAGAAGGCCATCATAA CCCTGACAAATGAAATGATCCAGGAGCACAGGAAGACCCGGGACCCCACCCAGCCACCCCGACACCTGAT CGACGCCTTCGTGGATGAGATAGAAAAAGCCAAAGGGAACCCCAAGACCAGCTTCAATGAGGAGAACCTG TGCATGGTGACCTCTGACCTGTTCATCGCTGGGATGGTGTCCACCTCAATCACGCTGACCTGGGCCCTCC TGCTCATGATCCTGCACCCGGACGTGCAGCGACGTGTCCAGCAGGAGATAGATGAGGTGATAGGGCGGGA GCAGCTACCAGAGATGGGAGACCAGACCCGTATGCCCTTCACCGTGGCCGTGATCCATGAGGTGCAGCGT TTTGGGGACATCGTCCCACTCGGTGTGCCCCACATGACGTCCCGAGACACTGAAGTGCAGGGCTTCCTCA TCCCCAAGGGGACGACACTCATCACCAACCTGTCGTCAGTGCTAAAGGACGAGAAGGTCTGGAAGAAGCC CTTCCGCTTCTACCCCGAGCACTTCCTGGACGCCCAGGGCCACTTCGTCAAGCATGAGGCCTTCATGCCC TTCTCTGCAGGCCGCCGCGTCTGCCTCGGGGAGCCCCTGGCCCGCATGGAGCTCTTCCTCTTCTTCACCT GCCTCCTGCAGCGCTTCAGCTTTTCAGTGCCTGCGGGGCAGCCCCGGCCCAGCGACCACGGGGTCTTCAC CTTCCTGAAGGTTCCAGCCCCCTTCCAGCTCTGTGTGGAGCCTCGCTAGGGGCAGGAACCACCACCCCCC GCCGCCCGGCTCCTCAGCAGGGGCCCGAGGTACAATAAACCAGTTTGGTGGCTCC
选择目标序列:JX678711.1.fasta

输出结果信息:
blast结果