截取序列





1:fasta序列


选择文件



2:模式选取






选择文件
3:参数输入




*



功能:
截取序列的指定区段,分为单区段序列截取和多区段序列截取两种模式。


输入:
支持fasta格式的文本文件或者在线文本直接粘贴输入。


参数:

①单区段序列截取:输入序列名称,序列的起始位置和终止位置。

②多区段序列截取:输入一个区段文件,文件是.txt格式的表格,表格共有三列,分别为:序列名称、起始位置、终止位置。

③向左延伸数值:从起始位置算起,向左添加截取的字符数量。

④向右延伸数值:从终止位置算起,向右添加截取的字符数量。

⑤每行输出的碱基或者氨基酸的数量可自主填写。

⑥可选择是否获取其反向互补序列。


输出:

程序将输出fasta格式的已截取的序列

案例演示1:


示例文件(可右击下载): 源文件


输入以下四个序列, 设置: 单区段模式,设置序列名称为seq1,起始位置为3,终止位置为10,向左延伸1个单位,故起始位置变为2

>seq1
TCATTTAATGAC
>seq2
ATGGC
>seq3
TCACATGATGCCG
>seq4
ATGGAAGC
                               

生物云平台
输出结果为:

>seq1_2_10
CATTTAATG
                                

案例演示2:


点击标签项中的 b、多区段截取 ,在区段文件里输入以下序列参数,格式如下,此时模式为多区段模式

seq1 1 10
seq2
seq3 1 10
                                

输出结果为:

>seq1_1_10
TCATTTAATG
>seq2
ATGGC
>seq3_1_10
TCACATGATG